Как встретили начало войны супруги Рыбкины, рассказал Эдуард Шарапов:
«Сотрудники НКВД перешли на казарменное положение. Зоя работала в Особом отделе: отбор, организация, обучение и переброска в тыл диверсионных и разведывательных групп. Из списков юношей и девушек, требовавших немедленной посылки на фронт, на передовую, она отбирала радистов, переводчиков со знанием немецкого языка, парашютистов, лыжников, "ворошиловских стрелков", разрабатывала легенды. Ночевали обычно в бомбоубежище: вместо подушки противогаз, вместо матраца — голые доски. Час-другой — и снова за работу. Бессонница изнуряла. Однажды коллега отлучился домой, чтобы сменить рубашку, и пропал. Зоя поехала выяснить, не случилось ли чего, и нашла его крепко спящим на лежанке из… тротиловых шашек.
Услышав, что на фронт просится епископ Православной Церкви, Зоя встретилась с ним, убедила стать архипастырем и взять под опеку двух разведчиков: они должны были тайно наблюдать за военными объектами и передвижением частей, выявлять засылаемых в тыл шпионов. На квартире Рыбкиных парни зубрили молитвы, обряды, порядок облачения (одеяния взяли из музейных фондов). Первый радист оказался, к сожалению, легкомысленным юношей. На вопрос владыки, выучил ли он "Отче наш", бойко затараторил: "Отче наш, блины мажь. Иже еси — на стол неси…" — "Свободен", — хором оборвали его епископ и Зоя Ивановна.
Результат работы этой разведгруппы был убедительный, членов ее наградили орденами "Знак почета", а епископу Синод присвоил сан архиепископа».
Мероприятия по подготовке разведывательных групп проводились по линии 4-го разведывательно-диверсионного управления НКВД, возглавляемого Павлом Анатольевичем Судоплатовым. В числе подобранных и подготовленных Зоей Ивановной кадров были Васько и Михась, находившиеся на временно оккупированной немецкими войсками территории в районе Калинина. Васько и Михась собирали и передавали разведданные о пособниках немцев, численности и расположении немецких штабов, складов и баз. По возвращении в Москву они предоставили подробный отчет о местах нахождения тайных складов оружия, а также сообщили о выявленных тридцати агентах гестапо.
Зоя Ивановна принимала участие в создании первого партизанского отряда. Его командиром был назначен Каляда Никифор Захарьевич (Батя), ставший впоследствии легендарным. Партизанское соединение действовало в Смоленской области и практически восстановило советскую власть в территориальном «треугольнике» Смоленск — Витебск — Орша.
Сама Зоя Ивановна предполагала, что будет работать сторожихой на железнодорожном переезде.
Но в октябре 1941 года посол Советского Союза в Швеции Коллонтай попросила Наркомат иностранных дел направить в Стокгольм супругов Рыбкиных. Зоя Ивановна раньше работала под руководством Александры Михайловны, а потому это предложение встретила с энтузиазмом.
Швеция соблюдала нейтралитет в период второй мировой войны, но попасть в эту страну было непросто. Она была окружена оккупированными и вражескими государствами. Поэтому Рыбкиным пришлось следовать в Швецию через Англию по Баренцеву морю и Норвегию самолетом.
Оказавшись в Эдинбурге, Зоя Ивановна и Борис Аркадьевич зашли поужинать в ресторан. Когда официантка принесла заказанные блюда (мисочка супа, картофелина в мундире, листок капусты и кусочек тушенки), чай и сахарный песок, Зоя Ивановна заметила: «Вы забыли подать ложечки». Официантка сразу поняла: гости — иностранные граждане. Она объяснила наличие одной ложечки тем, что весь металл идет на нужды фронта. Сидевшие за одним столом с Рыбкиными шотландцы, узнав, что те из СССР, почтительно встали:
— О, русские изумляют мир. Мы молимся Богу за вашу победу, иначе гитлеровцы ковентрировали бы весь наш великий остров.
(Фашистские войска тогда уничтожили город Ковентри, и в английском языке появился новый глагол «ковентрировать»).
Действительно, война чувствовалась везде… Из книги «Тайна Зои Воскресенской»: «В лондонском метро бросились в глаза трехъярусные нары: на них лежали, сидели, спали, читали и играли в карты. Удушливый запах, мусор, слабоосвещенные платформы являли собой жуткое зрелище. Рыбкины переглянулись: в московском метро даже в дни войны было тепло, чисто и светло».
В Стокгольме Борис Аркадьевич работал под прикрытием советника в представительстве СССР, а Зоя Ивановна находилась на должности пресс-атташе. В Швеции супруги развернули активную деятельность по пропаганде и информированию местной общественности и дипломатического корпуса о жизни и борьбе советского народа, настоящем положении дел на фронтах Великой Отечественной войны.