В опубликованных в наши дни документах из Архива ВЧК подтверждается участие Яковлевой в заседаниях Коллегии ВЧК. Например, 18 июля 1918 года она вместе с Дзержинским участвует в заседании Коллегии Отдела по борьбе с контрреволюцией. Судя по всему, проходило оно в Москве, хотя в протоколе место проведения заседания не указано. Обращает на себя внимание тот факт, что дела с указанием фамилий арестованных в протоколах заседаний ВЧК чаще всего занимали лишь одну строку, которая охватывала очень значимый для человека период времени – от расстрела до освобождения из-под ареста. Например, на заседании 18 июля решались судьбы нескольких десятков человек и выносились решения: Дело Вантковского: дело прекратить, его освободить. Дело Сидорова: применить высшую меру наказания. Дело Петрова: направить в Революционный трибунал. Дело Левшецова: прекратить; его освободить под расписку не вести агитацию против Советов[28]
. Тогда же в конце заседания были рассмотрены организационные вопросы. Было установлено, что приём частных лиц производится через секретаря с 1 до 2 часов дня Яковлевой и Карлсоном, а с 12 до 1 часа дня они принимают сами. Латыш – большевик с дореволюционным партийным стажем К.М. Карлсон тогда занимал должность помощника заведующего отделом ВЧК и одновременно заведовал разведчиками. Под разведчиками в ту пору чекисты понимали штатных уполномоченных сотрудников, занимавшихся розыском, арестами и обысками подозреваемых. На заседаниях коллегии решались самые разные повседневные вопросы. Например, устанавливалось время докладов, подписи ордеров на аресты, разработки операций, разбора новых дел и рассмотрения текущих вопросов. Или определялось, что каждый сотрудник ВЧК один раз в неделю должен был заступать на ночное дежурство, которое продолжалось с 6 часов вечера до 10 часов утра следующего дня.А в протоколе от 20 июля того же года дела арестованных в протоколе заседания коллегии отражаются более подробно и в большинстве случаев с указанием номера следственного дела. Причём по делам, предусматривавшим высшую меру наказания, стало проводиться голосование всех присутствовавших членов коллегии. Решение принималось большинством голосов[29]
.Варвара Николаевна вносила свои предложения, как лучше организовать работу коллегии. Например, 27 июля в самом начале заседания она предложила по окончании заседания всякий раз оглашать текст протокола, после чего он подписывается всеми присутствовавшими членами коллегии[30]
. Видимо, вопрос возник не сам собой. Можно предположить, что принципиальная Яковлева выявила факты фальсификации протоколов, внесения записей по необсуждавшимся вопросам или какие-то иные изъяны в чекистской работе и приняла меры по их устранению. И эта принципиальность была Дзержинским оценена. Постановлением Президиума ВЧК от 5 сентября 1918 года была образована Коллегия Отдела по борьбе с контрреволюцией из пяти видных чекистов, включая Варвару Николаевну. Было определено, что заседания Президиума проводятся ежедневно с 3 до 4 часов дня. Коллегия собирается два раза в неделю и рассматривает более важные дела. В Президиуме обсуждаются текущие дела. Также было указано, что следователи по делам, которые они ведут, никого не должны принимать в частном порядке. Кстати, тогда же признали необходимой кожаную одежду для комиссаров и разведчиков, а также электрические фонари для них[31].Многие зарубежные историки, рассматривая события первых лет советской власти, рисуют образ кровожадного чекиста, осуществляющего с начала сентября в отношении населения масштабный красный террор в ответ на покушение на Ленина и убийство Урицкого. На самом деле громкие призывы о пролетарском терроре против буржуазии зазвучали среди рабочих в Петрограде после убийства 20 июня 1918 года комиссара печати, пропаганды и агитации СКСО, бывшего одновременно главным редактором большевистской «Красной газеты», В. Володарского (при рождении – Моисей Маркович Гольдштейн). Следствие по факту покушения на него до конца доведено не было, поэтому остались лишь версии возможных причин его гибели. Одни считали его смерть следствием цепочки случайных событий: ехал на автомобиле на митинг на Обуховский завод. Кончился бензин. Пошел пешком навстречу своему убийце – эсеру-боевику из рабочих. Убит выстрелом из пистолета. По другой версии, это был хорошо спланированный теракт заговорщиков из контрреволюционной подпольной организации, которую возглавлял известный террорист Б.В. Савинков.
Возмущённые злодейским преступлением питерские рабочие открыто требовали расправы над контрреволюционерами, но петроградские власти приняли все меры, чтобы сдержать готовность трудящихся масс к террору и кровопролитию по классовому принципу. Основной удар предлагалось нанести против буржуазии и контрреволюционных организаций, окопавшихся в прежней столице.