В 1938 году Б. А. Рыбкину лично Сталиным было поручено проведение секретных переговоров с финским правительством от имени правительства СССР. Главной темой было урегулирование советско-финляндских отношений и получение от финнов согласия на ряд совместных оборонных мер с целью повышения безопасности для Ленинграда и противодействия проводившейся Германией в Финляндии политики.
Зоя Ивановна в этот ответственный период фактически самостоятельно руководила текущей разведывательной деятельностью резидентуры. Через свои обширные связи из среды финских правительственных кругов, а также используя агентурные возможности, она активно помогала мужу в его сложном задании. Именно она получала информацию о реакции финнов на советские предложения по существу советско-финляндского союза, направленные против возможной германской агрессии в этом регионе.
Выполняя текущую работу, Зоя Ивановна заводила новые связи, перспективные на привлечение к сотрудничеству с внешней разведкой, проводила лично ответственные встречи с агентами и проезжавшими через Финляндию немцами. В частности, здесь она проводила личные встречи с Павлом Анатольевичем Судоплатовым, который нелегально переходил несколько раз советско-финляндскую границу, курсируя в качестве курьера по связи с националистическим центром в Европе. Однажды он был задержан финскими пограничниками и просидел в финской тюрьме целый месяц. Тогда Зое Ивановне самой пришлось выяснять сначала судьбу исчезнувшего нелегала, затем выяснять и обстоятельства его ареста, до тех пор пока националисты не освободили его.
Когда в конце 1938 года переговоры с финнами не привели к соглашению, Б. А. Рыбкин был оставлен в Центре, а Зоя Ивановна вернулась в 1939 году в Москву. Там она до 1941 года работала оперативным уполномоченным в 1-м (разведывательном) управлении. Именно к ней стекались разведданные от знаменитой «Красной капеллы».
В 1941 году Зоя Ивановна была повышена в должности до заместителя начальника отделения, занимаясь участком разведывательной работы в Германии.
В канун нападения Германии на СССР Зоя Ивановна под руководством начальника отделения, известного разведчика П. Журавлева, подготовила серьезный аналитический документ о поступивших во внешнюю разведку разведывательных материалах о подготовке Германией войны против нашей страны. Из анализа, подписанного и доложенного Сталину 20 июня 1941 года, следовал однозначный вывод, что нападение Германии следует ожидать в ближайшие дни.
Как известно, Сталин недоверчиво отнесся к доложенным ему агентурным данным агентов Харнака и Шульце-Бойзена.
С началом Великой Отечественной войны Зоя Ивановна занималась подготовкой и заброской в тыл немецких армий на занятой ими советской территории разведчиков и агентов. Кстати, одним из таких агентов был мой близкий друг с 1938 года Василий Михайлович Иванов, которого перебросили через фронт в качестве церковного служащего православной церкви . Позже, когда я в 1946 году встретился с Зоей Ивановной, она очень положительно охарактеризовала Василия Михайловича, операция которого в тылу немцев завершилась успешно.
В октябре 1941 года Зоя Ивановна выехала в Швецию с мужем, который был туда направлен резидентом, а она его заместителем. За время более трехлетнего пребывания в Швеции Зое Ивановне пришлось решать самые разнообразные разведывательные задачи: от вербовки агентов в самой Швеции и связи с нелегалом «Антоном» в Норвегии до восстановления связи с агентурой в Финляндии, которая воевала с СССР на стороне Германии .
Еще во время своей работы в Финляндии Зое Ивановне в конце 1938 года поручались поездки в Норвегию для установления связи с нелегалом «Антоном» и передачи ему запасных документов и денег для разведчиков — членов его диверсионных групп. Тогда Зоя Ивановна была представителем Интуриста и могла под этим прикрытием свободно посещать соседние Швецию и Норвегию.
В тот приезд ей пришлось столкнуться с норвежской полицией и с трудом избежать срыва оперативного задания. Этот эпизод, ярко характеризующий разведывательные качества Зои Ивановны, представляет интерес.
Остановившись в гостинице в Осло, она должна была для вызова «Антона» на встречу посетить зубного врача и просить его сделать «шесть золотых коронок на передней челюсти». Это был пароль для вызова «Антона». Она проснулась рано утром. Врач принимал с десяти утра, и Зоя Ивановна решила не торопиться и прилечь еще отдохнуть перед ответственной встречей.
В десятом часу за дверью послышался топот ног нескольких человек и раздался стук в дверь. Это был директор гостиницы. Не открывая, Зоя Ивановна, сославшись, что не одета, предложила зайти минут через тридцать, часам к десяти. Ей надо было обдумать: чтобы мог означать такой визит директора.