Что касается ее собственного двора, Екатерина окружила себя единомышленницами – девушками, с которыми она могла обсуждать вопросы религии. Она покровительствовала искусству и музыке и стала первой английской королевой, выпустившей книгу – «Молитвы, или медитации» (Prayers or Meditations, 1545). Она способствовала изданию детского букваря и ради продвижения Реформации участвовала в выпуске ряда недорогих изданий как на английском языке, так и на латыни. Екатерина помогала архиепископу Кранмеру в публикации его книг. В 1547 г., уже после смерти Генриха VIII, Екатерина издала вторую книгу – «Жалобы грешника» (The Lamentation of a Sinner), в которой заметно влияние одновременно лютеранства и кальвинизма. Она поручила Николасу Юдалу организовать и проконтролировать перевод книги «Парафразы Нового Завета» (Paraphrases upon the New Testament) голландского гуманиста Эразма Роттердамского, который был опубликован в 1548 г.
К 1546 г. католические силы при дворе были уже сыты по горло протестантским пылом Екатерины и стали плести заговор против нее и ее фрейлин. Было известно, что эти дамы читают запрещенные религиозные тексты. На английском языке разрешалось читать только небольшое количество религиозных текстов, да и то некоторые из них женщинам были заказаны. Дело пахло ересью, а за нее грозила смертная казнь.
Недруги Екатерины во главе с епископом Виндзорским Стивеном Гардинером попытались собрать против нее доказательства. Они подвергли пыткам одну из ее придворных дам, Энн Эскью, пылкую красноречивую протестантку, чтобы заставить ее обвинить королеву и отречься от своей веры. Но девушка ответила решительным отказом. Тем не менее было решено, что для ареста Екатерины свидетельств и так достаточно.
Спасла Екатерину невероятная случайность. Преданный королеве придворный врач прознал о готовящемся аресте. Точно неизвестно, как звали этого человека. Возможно, это был Роберт Хьюик. Получив предупреждение, королева внезапно заболела – то ли желая оттянуть время, то ли из-за реального приступа паники.
Узнав о ведущемся расследовании, король ощутил досаду – от того, что все делалось без его ведома, и от безрассудства королевы. Она стала слишком часто спорить с ним о религии, невольно напомнив ему Анну. Король явился в ее покои с допросом. Подготовленная к разговору, Екатерина легко провела свою партию, искусно использовав самолюбие Генриха. Она подчеркивала собственную слабость и ничтожность своих суждений – суждений всего лишь женщины. Пообещав впредь полностью подчиняться его высшей воле, она даже сказала, что просто хотела втянуть супруга в легкую религиозную дискуссию, желая отвлечь от сильных болей в его разъеденной язвами ноге и заодно поучиться у него мудрости. Вот и все, что потребовалось Екатерине, чтобы избежать гибели.
В конце декабря 1546 г. Генрих почувствовал себя плохо. Он собрался с несколькими ближайшими советниками, чтобы составить завещание, по которому Екатерина получала значительные богатства и титул вдовствующей королевы, а не регента. Он отстранил от участия в дальнейших своих действиях семейство Говардов и епископа Гардинера – последнего главным образом потому, что видел в нем источник возможных проблем. В январе 1547 г. король в последний раз встретился с иностранными послами, и, как только они уехали, его состояние ухудшилось. Послали за архиепископом Томасом Кранмером. 28 января король Генрих VIII скончался, крепко сжимая руку Томаса.
Отпевание, которое провел епископ Гардинер, состоялось 16 февраля. Генрих был похоронен рядом со своей любимой Джейн Сеймур в часовне Святого Георгия в Виндзоре. Принц Эдуард стал королем. Лордом-протектором при девятилетнем монархе стал его дядя Эдвард Сеймур.
Екатерина несколько поспешно вышла замуж за Томаса Сеймура и стала жить с ним и своей падчерицей Елизаветой. Это вызвало большое неудовольствие нового короля Эдуарда VI, что, впрочем, не помешало Екатерине взять на себя полное опекунство над принцессой Елизаветой. Томас же сумел добиться опеки над внучатой племянницей покойного Генриха VIII леди Джейн Грей.
Принцесса Елизавета скоро оказалась в центре придворного скандала. Загоревшись подростковой любовью к Томасу Сеймуру, она отважилась преследовать его с помощью своей воспитательницы Кэтрин Эстли. В декабре 1547 г., когда Екатерина объявила о своей беременности, слухи о предполагаемом неприглядном поведении Томаса и Елизаветы только усилились. Весной Екатерина отослала Елизавету в Херфордшир, к леди Денни, сестре Кэтрин Эстли.
В июне 1548 г. Екатерина переехала в замок Сюдли в Глостершире, где должны были пройти ее роды. В ее свите была леди Джейн Грей. 30 августа 1548 г. Екатерина произвела на свет дочь, которую назвала Мэри. Сама Екатерина заболела родильной горячкой, которая 5 сентября 1548 г. унесла ее жизнь. В тот же день ее похоронили в замке Сюдли. Сильнее всех оплакивала ее леди Джейн Грей.