Об организации репатриационной комиссии было официально объявлено 24 октября 1944 года, то есть через неделю после того, как Иден на совещании в Москве пообещал Молотову лично проследить за возвращением всех потенциальных репатриантов на родину. Главой комиссии был назначен генерал-полковник Филипп Голиков. Это назначение представляется весьма любопытным. Ведь, с*точки зрения советских руководителей, все советские солдаты, попавшие в плен, заслуживали сурового наказания — ибо в плен их могла привести либо трусость, либо нерадивость. Но тогда — не странно ли, что руководство репатриационными операциями Сталин поручил одному из самых трусливых и несостоятельных советских генералов? Более того, Голиков был из тех военачальников, на ком лежала главная вина за неподготовленность СССР к войне — за неукомплектованность армии, вследствие чего, в первую очередь, и попадало в 1941 году в плен большинство советских солдат. Будучи с июля 1941 года начальником разведывательного управления Генерального штаба, он совершил на этом посту множество непростительных ошибок. Позже, во время обороны Сталинграда, Хрущев подал рапорт о том, что Голиков панически боится немцев, и Голикова с поста сняли.
Под стать начальнику был и заместитель Голикова по репатриационной комиссии — генерал К. Д. Голубев. Он был настоящий гигант, но, по словам генерала Дина, «его умственные способности никак не соответствовали размерам его тела».
Впрочем, роль Голикова и Голубева в реальной работе комиссии была ничтожна, они являлись всего лишь представительными манекенами. Настоящую же работу выполняли Главное управление контрразведки (ГУКР) — за границей, и НКГБ — внутри страны. С июня 1941 года главным занятием этих организаций-близнецов было держать в страхе советское население за линией фронта и арестовывать вышедших из немецкого окружения. После Сталинграда, когда направление войны изменилось, они двинулись в освобожденные районы, убивая сотни и тысячи жителей по подозрению в сотрудничестве с врагом. Теперь, в 1945 году, они были готовы к выполнению огромной задачи — поглотить миллионы русских, возвращаемых Западом.
Советские репатриационные комиссии растеклись по всей Европе. Западные офицеры, столкнувшиеся с полковниками и генералами, возглавлявшими эти миссии, вспоминают об одном и том же: в разговорах о военных делах советские офицеры проявляли полное невежество и приходили в замешательство. Так, генерал Вихорев в Париже бормотал: «Я не служил во время войны в авиации… Я был в других войсках…» Ларчик открывался просто. Как объясняет бывший офицер СМЕРШа, «все сотрудники этих миссий были профессиональными чекистами». Голиков и Голубев хотя бы были еще и профессиональными военными. Но подавляющее большинство офицеров СМЕРШа и вовсе не нюхало пороху. Их участие в военных действиях сводилось к издевательствам над украинскими девушками, взятыми на допрос, или к убийству мальчика, вышедшего из строя в поисках матери. Как стыдливо объяснял майор Шершун Чеславу Йесману, он во время войны занимался охраной эвакуируемого на восток оборудования. И вот таким людям было дано право запихивать героев войны в телячьи вагоны, покрикивая на них: «Почему попал в плен? Почему не сбежал? Почему не убивал власовцев?» Что до последнего упрека, то СМЕРШ, бесспорно, уничтожил гораздо больше красноармейцев, чем вся РОА и казаки, вместе взятые.
В репатриационных миссиях чекистам был предоставлен небывалый простор для выполнения их разнообразных задач. Там же, где полной свободы действий не было, прибегали к внедрению тайных агентов, запугиваниям, угрозам, шантажу. Впрочем, для поимки тех, кто был признан советским гражданином, никаких сверхъестественных усилий не требовалось: англо-американцы с величайшей готовностью выдавали их сами, задача же сотрудников миссий сводилась к тому, чтобы склонить максимальное число пленных к «добровольному возвращению» на родину. Это было важно по нескольким причинам. Во-первых, многочисленные отказы могли вызвать опасные настроения среди союзных солдат, назначенных проводить репатриацию. Во-вторых, английским политическим деятелям было проще оправдывать свою политику, утверждая, что число русских военнопленных, отказывающихся вернуться на родину, невелико. Кроме того, имелись еще и лица со спорным гражданством, которых англо-американцы и вовсе не могли репатриировать без добровольного согласия.