Первый удар был нанесен сразу же после войны, когда коммунисты осуществляли программу земельных реформ, как в Восточной Европе. Этот вопрос по-настоящему разделил население; от его решения гораздо больше выиграли, естественно, бедные и безземельные крестьяне, нежели те, кто вынужденно отказался от части своей собственности. Крестьяне-середняки с большей вероятностью, чем бедняки, могли присоединиться к повстанцам. Это стало зародышем классовой борьбы, позволило властям выставить повстанцев реакционерами и явилось важной политической победой коммунистов, которые в данном случае выступали защитниками бедных. В сочетании с другими политическими сенсациями, вроде передачи Литве Вильнюса – города, на который они всегда претендовали, но в котором никогда не имели власти, – это означало, что не все готовы поддерживать повстанцев, как того хотелось националистам в Прибалтийских государствах.
Второй удар был нанесен в конце 1940-х гг., когда Советы снова прибегли к политике депортации своих политических врагов. Между 22 и 27 мая 1948 г. из Литвы были высланы свыше 40 тысяч человек; в марте следующего года за ними последовали еще 29 тысяч человек. В Латвии высылка в Сибирь 43 тысяч человек благополучно погасила надежды сопротивления. В то время как в ближайшем будущем эти события увеличили число людей, желавших бежать в леса и присоединиться к повстанцам, они уничтожили сеть их помощников среди населения. Начиная с этого момента повстанцы больше не могли полагаться на местных жителей в снабжении их продовольствием и другими припасами. Тогда они стали выходить из леса и отнимать все необходимое. Таким образом предупреждали власти о своем присутствии.
Окончательный удар по каналам снабжения повстанцев нанесла политика коллективизации земли, которая успешно отняла сельское хозяйство у отдельных производителей. Как только все крестьянские хозяйства стали подконтрольны государству, повстанцы лишились сочувствующих им фермеров, на которых могли опереться. Коллективизация в Прибалтике произошла даже быстрее, чем в других странах коммунистического блока. В начале 1949 г. коллективизацией были затронуты лишь 3,9 % крестьянских хозяйств в Литве, 5,8 % – в Эстонии и около 8 % – в Латвии. Когда политику коллективизации объявили официально, многие фермеры противились ей, но после того, как большое их количество было депортировано, оставшиеся поспешили подчиниться новой власти. К концу года 62 % литовских крестьянских хозяйств оказались под контролем государства. В Эстонии и Латвии, где повстанцы не были так сильны, а сопротивление не так организованно, цифры составляли 80 и 93 % соответственно.
Когда сети снабжения нарушились, единственным спасением для повстанцев было получение помощи с Запада. В отчаянии они посылали гонцов с заданием добиться поддержки. Самым известным из них был литовский партизан Юозас Лукша, который пешком перешел границу с Польшей и в начале 1948 г. оказался в Париже. Он принес с собой письма к папе римскому и Организации Объединенных Наций, в которых описывались жестокие депортации, происходившие в его стране. Но его попытки привлечь на свою сторону Запад ни к чему не привели. После нескольких несмелых попыток западных разведывательных агентств прибалтийские повстанцы в основном оказались предоставлены сами себе в борьбе за существование.
В 1950-х гг. Лукша возвратился в Литву, к тому времени борьба превратилась в проигранное дело. Численность активных повстанцев в лесах в 1944–1947 гг. (она доходила до 40 тысяч человек) теперь сократилась до пары тысяч. К лету 1952 г. их оставалось, наверное, человек пятьсот. К возвращению Лукши Советы отнеслись как к главному событию. На него охотились буквально тысячи солдат НКВД, прочесывая леса Пунии и Казлу-Руда. В конце концов его предал человек, которого он считал своим другом; завел в засаду и застрелил. Та же участь постигла каждого командира «лесных братьев» в Литве. К 1956 г., через двенадцать лет после начала повстанческой войны, был наконец уничтожен последний повстанческий отряд.
Несмотря на устрашающую результативность советских сил безопасности, окончательно разгромить повстанцев не удалось. Даже после взятия в плен в 1956 г. последнего крупного командира повстанцев Адольфаса Раманаускаса (кличка Ванагас – Ястреб) на свободе в литовских лесах оставалось около 45 бойцов. В 1965 г. двое литовских повстанцев были окружены полицией: они застрелились, чтобы не попасть в плен. Последний литовский повстанец Стасис Гуйга скрывался у деревенской женщины более 30 лет и сумел избежать поимки до своей смерти в 1986 г.