Но были в шанхайских трущобах те, кому приходилось хуже всех. Это нищие беспризорные дети. Обидеть их мог каждый, а заступиться было некому. Поэтому именно о них владыка Иоанн заботился в первую очередь. Сразу же по прибытии в Шанхай он организовал приют для сирот и детей нуждающихся родителей. Очевидцы рассказывали, как епископ приютил девочку, выменяв её у китайца за бутылку водки. За своё пятнадцатилетнее существование приют дал убежище многим сотням мальчиков и девочек. Владыка сам собирал больных и голодающих ребят с улиц и из тёмных городских закоулков, спасал их от неминуемой смерти. Денег на содержание воспитанников всё время не хватало. Но зато рядом с ними всегда был владыка Иоанн, любивший приютских детей, как своих собственных. А настоящая любовь может творить чудеса даже в самых безвыходных обстоятельствах.
Одна из воспитательниц приюта, Мария Александровна Шахматова, рассказывала о таком удивительном случае: «Однажды во время войны нищета приюта достигла таких пределов, что кормить детей было в прямом смысле нечем, а было их тогда в приюте как минимум девяносто человек. Наш персонал негодовал, потому что архиепископ Иоанн продолжал приводить новых детей, некоторые из которых имели родителей, а следовательно, мы были вынуждены кормить ещё и чьих-то детей. Однажды вечером, когда он пришёл к нам – изнурённый, обессиленный, замёрзший и молчаливый, я не смогла сдержаться и высказала ему всё, что было на душе. Я сказала, что мы, женщины, не можем больше мириться с этим, видеть эти маленькие голодные рты, будучи не в состоянии дать им хоть что-то поесть. Я потеряла контроль над собой и в негодовании повысила голос. Я не только жаловалась, я была полна гнева за то, что он заставлял нас терпеть это. Он грустно посмотрел на меня и спросил: „В чём вы больше всего нуждаетесь?“ Я ответила сразу же: „Во всём! На худой конец – в овсянке. Мне нечем кормить детей утром“».
Архиепископ Иоанн посмотрел на неё печально и поднялся наверх к себе. Затем она услышала, как он молится и бьёт поклоны, причём так усердно и громко, что даже соседи стали жаловаться. Её мучила совесть: в ту ночь она так и не смогла заснуть и задремала только под утро.
Разбудил воспитательницу звонок в дверь. Открыв, она увидела незнакомого господина, на вид англичанина, который сообщил, что представляет какую-то зерновую компанию и у них остались лишние запасы овсяной крупы, поэтому он хотел бы узнать, можно ли найти ей применение, ведь здесь, он слышал, есть дети. И тут же в приют начали вносить мешки с овсянкой.
В это время владыка Иоанн начал медленно спускаться по лестнице. Мария Александровна утратила дар речи, когда поймала его укоризненный взгляд. Она хотела упасть и целовать его ноги, но он уже ушёл наверх продолжать молитву, теперь уже благодарственную.
Так же неслышно, с Божией помощью, владыка Иоанн Максимович сумел, кроме детского приюта, организовать ещё и госпиталь, и дом престарелых, и бесплатную общественную столовую…
Более всего епископ заботился о самых слабых и беззащитных. Но пришла пора, и все русские жители Шанхая оказались беззащитными перед лицом новых испытаний. Когда гражданская война в Китае вплотную приблизилась к городу, оставаться там стало очень опасно. И русские люди обратились к международным организациям с просьбой дать им временное пристанище в любой стране. Откликнулись на этот призыв о помощи лишь власти Филиппин. Они предоставили беженцам маленький, почти необитаемый остров Тубабао. Туда и отправились из Шанхая на нескольких кораблях свыше пяти тысяч русских. Вместе со своей паствой отбыл на остров и владыка Иоанн Максимович.В тропических джунглях острова Тубабао беженцы расчистили место для лагеря. Никакого жилья на острове не было и в помине, поэтому устраиваться пришлось в старых армейских палатках. Но русским людям было не впервой обживать новые места. Из одной большой палатки сделали походную церковь, из другой – госпиталь для больных, из третьей – столовую… А через несколько недель в лагере сыграли первую свадьбу!