Чтобы устранить собственность среди братии и всякую зависть, любостяжание, и превозношение, и пороки, преподобный желал ввести общежитие. И когда в 1372 году в обитель прибыл греческий митрополит с паломниками и грамотой от Вселенского патриарха Кир Филофея с благословением ввести общежитие в обители, то старец поспешил в Москву к святителю Алексию заручиться и его благословением. И, объявивши желание патриарха и митрополита, игумен ввел общежитие. Построили трапезу, хлебопекарни, амбары, кладовые. Называть своим что-либо было запрещено — одежда, пища, труды были общими. Все способные к труду, кроме престарелых и больных, должны трудиться для общего блага. Появились новые должности — келарь с обязанностями казначея, эконома, благочинного (был Никон), духовник (первым был Савва), экклесиарх. Обитель благоукрасилась, и число братии возросло, и изобилие появилось. Тогда излишество стали употреблять на странноприимство. Уединенная дотоле обитель выдвинулась из дремучих лесов на распутие жизни русской. При введении общежития оказались недовольные, некоторые ушли из обители, а другие, можно думать, с игуменом Стефаном составили партию не желающих иметь Сергия главой братства. Тогда преподобный ушел из обители, избегая препирательства и личной распри со старшим братом Стефаном, который, оставив игуменство в Богоявленском монастыре, пришел в обитель, которую он основывал с братом, преподобный посетил друга своего преподобного Стефана в Махрищском монастыре и, взяв в провожатые инока его Романа, нашел прекрасное место на реке Киржаче, где и поселился для безмолвия.
К любимому игумену приходили братия и построили келлии, колодезь, церковь во имя Благовещения, и устроилась новая обитель. Митрополит благословил новую обитель, освятил церковь. Романа рукоположил в священный сан, поставил игуменом, а из Троице-Сергиевой Лавры изгнал ропотников и вернул Сергия в свою обитель, где водворился мир. Воссиял во всем блеске преподобный как великий служитель Церкви Христовой и гражданин земного отечества — его имя было на устах всех, от великого князя и бояр до последнего поселянина Московской Руси, и был он, как древний пророк. Любя пустыню, старец не желал наград и святительского сана, но, как великий благодетель, отводил своими молитвами от Руси беды и скорби. Он содействовал духовному возрождению и обновлению Русской земли и освобождению от рабства диким азиатским ордам. Это было такое время тяжкое, что оно грозило совершенной гибелью русскому народу. И Сергий дарован Богом земле Русской, как истинный печальник ее. Он вдохнул веру в помощь Божию, поднял дух родного народа встать на поработителей.
Мамай с полчищами шел на Русь. Великий князь Димитрий посетил Троицу со своими воинами-князьями, преподобный отслужил Божественную литургию, пригласил князя и воевод на трапезу и сказал: «Господь Бог тебе Помощник. Еще не приспело время тебе самому носить венец этой победы с вечным сном; но многим, без числа многим сотрудникам твоим плетутся венцы мученические с вечною памятью». Окропил освященной водой князя и всех бывших с ним и сказал, что врага ожидает конечная гибель, «а тебя, великий княже, помощь, милость и слава от Господа. Уповаем на Господа и на Пречистую Богородицу, что Они не оставят тебя». И, осеняя преклонившегося пред ним великого князя святым крестом, богоносный Сергий воодушевлено произнес: «Иди, господин, небоязненно! Господь поможет тебе на безбожных врагов!» А затем одному тихо сказал: «Победиши враги твоя». И как благословение, как залог победы своему воинству князь просил двух иноков, бывших воинов, Александра Пересвета и Андрея Ослябу. Возложив на них схимы, украшенные изображением креста Христова, старец отправил их на поле брани.
Благословив крестом и окропив еще раз освященной водой великого князя, своих иноков, витязей и всю дружину княжескую, преподобный Сергий сказал князю: «Господь Бог да будет твой Помощник и Заступник: Он победит и низложит супостатов твоих и прославит тебя!»
По лицу всей Русской земли пронеслась весть о благословении на брань с Мамаем, и луч надежды укрепился в сердцах сынов русских, заколебался Олег Рязанский и не пошел против Москвы. 8 сентября 1380 года на Дону войска встали в боевой порядок. Прибыли инок Нектарий и другие иноки от Сергия с благословением всему христолюбивому воинству. Они привезли Богородичную просфору и грамоту с увещанием сражаться мужественно и уповать, что Бог увенчает их счастливым успехом. Поможет Бог и Троица.
Преподобный как бы сам посетил воинство, и даже слабые духом воины воодушевились мужеством и готовностью положить души свои за святую веру православную, за дорогое отечество.