В ответ на это царь Максимин сначала похулил своих богов многими позорными словами за то, что они были не в силах отнять у тех узников временной жизни. Затем расспросил о них: кто они и откуда? Узнав, что они из Галатии, из города Анкиры, повелел немедленно отослать их туда к князю Лукию, в то время начальствовавшему в Анкире. Святые, узнав об этом, сильно обрадовались, ибо святой Климент очень желал окончить поприще своей подвижнической жизни в родном городе. Он молился об этом Владыке Христу и получил просимое. Когда святые были приведены в город Анкиру и представлены для допроса князю Лукию, он не сразу стал допрашивать их, но предварительно посадил их в тяжкое заключение; при этом он велел забить ноги их в колоду, возложить железные оковы на шею, на руки и на все тело, а равно обвешать их тяжелыми камнями, так что им не было возможности ни двинуться телом, ни протянуть ног. На следующий день он велел привести на суд одного святого мученика Агафангела. Вначале он долго обольщал святого ласками, стараясь привлечь к своему зловерию; но, видя непреклонность его убеждений, начал мучить его: он проколол его уши железными кольцами, раскаленными на огне, горящими свечами обжег его ребра и, наконец, усек мечом его святую голову. Честное же тело мученика взяла упомянутая выше блаженная София, названная мать Климента; она обвила его чистыми пеленами, умастив ароматами, и положила его в пещере, в которой была небольшая христианская церковь. По причине тяжкого гонения со стороны нечестивых, верующие не могли иметь явно своей церкви, но сделали себе небольшую церковь в пещере и там совершали службы Богу. Таким образом, святой мученик Агафангел страдал от различных мучителей: от двух царей, Диоклитиана и Максимиана, и от правителей: Агриппина, Курикия, Домиция, Сакердона, Максима, Афродисия и Лукия. Окончил он подвиг страдания пятого ноября.
Святой Климент, узнав о кончине своего ученика и сострадальца святого мученика Агафангела, исполнился несказанной радости, так как послал его к Богу ранее себя в качестве предстателя. Лежа ниц на земле и обремененный тяжестью уз, он воздавал глубокое благодарение Богу о святом Агафангеле за то, что Бог сподобил его окончить жизненное поприще, сохранить веру, мужественно претерпеть все мучения и быть причисленным к лику святых мучеников, торжествующих на небесах. Молился он и о себе, чтобы Бог сподобил его претерпеть до конца, стереть многокозненную главу врага и перейти с торжеством в вожделенные небесные обители.
После казни над святым Агафангелом мучитель Лукий повелел ежедневно мучить святого Климента в темнице. Мучение состояло в следующем: жезлами, усеянными острыми сучьями, били мученика по лицу и по голове, налагая ежедневно на теле святого по ста пятидесяти ран. Так мучили святого от пятого ноября до пятого января. Между тем, как святой в течение дня был сильно изъязвлен ранами, так что вся темница его обагрялась его кровью, — ночью благодать Божия, ниспосылаемая ему чрез святых Ангелов, исцеляла его язвы. Язычники были в большом недоумении: приходя ежедневно и находя его здоровым, они изумлялись и били его еще более жестоко; голову и лицо его они уязвляли крепкими и глубокими ударами, числом до ста пятидесяти. Когда приближался праздник Богоявления Господня, прибыл от царя в город Анкиру другой воевода по имени Александр, вместо Лукия, отозванного к царю. С наступлением ночи, когда должно было совершаться всенощное бдение празднику Богоявления, блаженная София собрала к себе христиан, а равно своих слуг и воспитанных ею отроков и отроковиц, и пошла с ними в темницу к святому Клименту. Бог, споспешествующий намерениям верующих в Него, навел на стражей крепкий сон. Один только страж не спал, но он был тайный христианин; он и отверз темницу для пришедших. Верующие, вошедши внутрь с премудрою Софиею, освободили святого от оков и повели его в церковь, которая была в пещере. Здесь они с радостью праздновали, благодаря Бога. С наступлением дня святой Климент совершил Божественную Литургию, и все приобщились Божественных Таин из святых рук своего пастыря. Архиерей Божий предложил собравшимся обширное поучение, в котором предсказал о своей кончине. Он предрек, что скоро будет убит, и утешал их словами:
— Не бойтесь, братия, никто из вас не погибнет и не пострадает. Ни одного из вас не похитят волки; только я с двумя клириками положу душу мою за великого Архиерея Христа, положившего за нас душу Свою.