Вышеупомянутый князь Борис Палецкий пожертвовал в дом Спасов, в обитель Геннадиеву, ценный колокол.
Случилось некогда вологодскому и велико-пермскому владыке Киприану впасть в сильную болезнь. Имея усердие к обители Преображения Господня, а также питая духовную любовь к преподобному старцу Геннадию, послал одного из слуг своих за старцем Геннадием, прося его посетить по случаю болезни. Преподобный пришел со своими учениками, иеромонахами Мисаилом и Алексием, в город Вологду и попросил благословения у епископа Киприана. Владыка обрадовался приходу святого старца и, не имея до того времени никакой возможности встать со своей постели, встал навстречу святого, благословив его с учениками крестным знамением, и, взяв преподобного за руку, ввел его во внутреннюю келию. Долгое время беседовал святитель с преподобным старцем. Люди же, видя облегчение епископа от болезни вследствие посещения преподобного, весьма удивились и прославили Бога, творящего чрез угодников Своих преславные чудеса. После беседы оба вкусили благословенного хлеба. На другой день епископ пред всеми людьми просил преподобного:
— Наставник пустынный, преподобный отец Геннадий, моли за нас милостивого Бога, чтобы Он облегчил мне телесную болезнь и исцелил недуг ноги моей.
Преподобный сказал святителю:
— Человеколюбец Бог помогает от скорби и целит недуги душевные и болезни телесные и облегчает немощь страждущим людям, — и не наше это дело великое. Господин мой, святитель, все возможно от Бога, а от человеков — ничто. Вот ты, господин мой, теперь уже здоров от общей скорби телесной, нога же твоя пусть напоминает тебе о последнем часе и не исцелится до последнего твоего издыхания. Мир тебе, господин мой, святой отче!
Владыка после сего прожил еще пять лет и отошел ко Господу.
Описатель жития преподобного Геннадия, ученик и преемник его по игуменству Алексий, рассказывает о себе самом следующее. Будучи оскорблен братией Геннадиевой обители Всемилостивого Спаса, Алексий удалился отсюда в город Кострому и поселился в обители Богоявления Господня. Но вскоре сильно заболел и не мог стоять в церкви. По этой причине он переселился из Костромы в Адрианову пустыню близ Пошехонья. Но болезнь не прекращалась. По откровению Божию он возвратился в Геннадиеву обитель Всемилостивого Спаса и, притекши с мольбой ко гробу Геннадия, просил прощения в своем малодушии и получил исцеление.
Из многочисленных посмертных чудес преподобного Геннадия упомянем еще следующие.
Некто боярский сын Иван Лихарев пожертвовал Геннадиеву Спасову монастырю одно свое село, но потом передумал и передал это село в Троице-Сергиеву лавру. Вскоре после сего сын его Алексий умер неожиданно, а жена впала в тяжкую болезнь. Соседи и знакомые стали говорить, что муж ее поступил нехорошо, оставив Спасову обитель и отдав село в другой монастырь, и советовали ей написать письмо мужу, который находился в Переяславле Залесском. Жена написала и тотчас же почувствовала облегчение. Между тем в Переяславле Иоанн тоже впал в болезнь: на него напал какой-то страх и исказилось его лицо. Окружавшие также упрекали его, зачем он оставил обитель Спасову. Тогда Иоанн внял посланию жены и советам ближних, возвратил село в обитель преподобного Геннадия и обещался от нее не отходить. Вскоре он получил исцеление от своей болезни. Молившиеся при гробе Геннадия с верою и усердием получали исцеление от различных болезней: от боли зубной, от болезни глаз, от расслабления, особенно же от исступления ума и беснования.
Было и такое чудо. Один иеродиакон Геннадиевой обители украл церковные книги и скатерти и, прошедши только несколько верст до реки Андомы, почувствовал расслабление и не мог двинуть ни руками, ни ногами. Дали знать игумену, и он послал за диаконом, которого и привезли в обитель с книгами. Диакон повинился в своем согрешении, припал ко гробу преподобного Геннадия, прося прощения и исцеления рук и ног. И, по молитвам преподобного Геннадия, Бог помиловал его и возвратил ему здоровье.
Посадский человек города Костромы Лука Густышов не имел веры к чудесам преподобного Геннадия и решил не бывать в обители Спасовой и у гроба преподобного.
Будучи выбран в целовальники в таможню (т. е. в присяжные сборщики таможенных пошлин), он отправился со своими товарищами для сбора государевых денег. Но вдруг он был поражен тяжкою болезнью: опухли щеки, разболелась нестерпимо голова, и он пришел в исступление. Родственники привезли его домой, где он и лежал при смерти. Пришедши в сознание, он вспомнил грех свой, обещался идти в обитель Спасову и ко гробу преподобного Геннадия. Отслужив там молебен, он молитвами преподобного Геннадия получил исцеление.