Но если в молодости И. Г. Щегловитов ратовал за судебную независимость, приветствовал демократические преобразования, то теперь он, по словам современников, «круто повернул вправо». Он перестал считаться с принципом несменяемости судей и судебных следователей, зачастую изгонял со своих мест неугодных ему судебных работников и прокуроров, а на руководящие должности подбирал людей «более твердых, более монархически настроенных». Его замашки многим казались диктаторскими.
На одном из заседаний Государственной думы Щегловитов произнес: «Тяжелые годы смуты и политического шатания возлагали на Министерство юстиции сугубые обязанности ограждения русского суда от засорения всем тем, что отражает в себе колеблющееся, меняющееся общественное движение и настроение, и партийные вожделения. Между тем общее политическое шатание не может не коснуться суда, как ни прискорбно это явление. Волны бушующих политических страстей докатились и до святой храмины правосудия… Будучи призван… стать во главе Министерства юстиции, я приложил все усилия к тому, чтобы русский суд устоял перед соблазном политической борьбы и чтобы в нем, в особенности в лице его главных руководителей, были не люди, слабые волей и равнодушные к ограждению государственного порядка и общественного спокойствия, но люди, сильные волей и твердые в подлинном исполнении и применении закона. Само собою разумеется, что особое внимание пришлось обратить на обновление в некоторых судебных местах личного персонала».
Затем он продолжал: «Нападки… на меня не смущают, они бледнеют и гаснут перед величием лежащей на мне обязанности охранить тот храм, который именуется храмом правосудия, во всей чистоте».
Деятельность Щегловитова подвергалась критике со всех сторон. Резко выступали против него некоторые депутаты Государственной думы, в частности, В. А. Маклаков, который приводил убедительные факты того, что прокуроры, подчиненные Щегловитову как генерал-прокурору, часто подминались местной властью. Именно при нем были введены военно-полевые суды, когда на дознание, предварительное следствие, судебную процедуру и исполнение приговора отводилось всего двое суток – «скорострельность» чудовищная. И хотя идея их создания принадлежала не Щегловитову, и даже есть сведения, что он вовсе ее не одобрял, однако ему ничего не оставалось, как согласиться с волей государя.
Социалисты-революционеры немедленно дали свой ответ на введение военно-полевых судов. В 1906–1908 годах они объявили настоящую охоту на высших должностных лиц империи и провели ряд террористических актов. Считая Щегловитова главным проводником репрессий в стране, они вынесли ему смертный приговор и готовили покушение, но их попытки не увенчались успехом.
По мнению современников, щегловитовская юстиция самым печальным образом отразилась на деятельности суда. Никогда еще со времени введения Судебных уставов 1864 года судебные установления не падали так низко в общественном мнении. И. В. Гессен считал, что при нем «вплоть до Сената судебные учреждения насквозь пропитались угодливостью, разлагающей все устои правосудия». И еще одно, более жесткое его высказывание: «Суд превращен в капище беззакония». Ярким примером тому служит связанное с именем Щегловитова одиозное дело Бейлиса, который в конце концов оказался оправданным, несмотря на все подлоги и подтасовки.
В июле 1915 года, под давлением демократических кругов, император вынужден был отправить слывшего «безнадежным реакционером» И. Г. Щегловитова в отставку с поста министра юстиции, однако сохранил ему остальные должности. Но за этим последовал неожиданный взлет. В декабре 1916 года его вдруг приглашает Николай II и предлагает ему должность председателя Государственного совета. Указ об этом назначении опубликован 1 января 1917 года. Одновременно с этим назначением он получил и орден Святого Александра Невского.
Сведений о личной жизни Щегловитова сохранилось мало. Лишь отдельные крупицы, разбросанные по разным воспоминаниям, позволяют нарисовать более или менее целостный портрет российского министра юстиции.
Иван Григорьевич был женат три раза. Первой его женой была княжна Оболенская. От этого брака у него был сын Константин, родившийся в 1884 году, и дочь София. Вторично он женился на дочери действительного статского советника Детерихса, Елене Константиновне. В 1895 году у них родилась дочь Анна. Третьей супругой Щегловитова стала вдова статс-секретаря С. А. Тецнера, Мария Федоровна, урожденная Куличенко. Родившаяся от этого брака дочь Мария умерла в младенчестве.