Все эти архипастырские труды святого Иоанна производили в высшей степени благотворное действие. Столица стала приходить в благоустроенность в церковно-религиозном и нравственном отношении. Однако зло настроений проникло так глубоко, что одних назиданий было недостаточно; необходимы были наказующие удары правды Божией, чтобы образумить преданный миру и его прелестям народ. Такие удары действительно не раз постигали Константинополь. Особенно страшным было бедствие, причиненное землетрясением, происшедшим в первые годы правления святителя. От землетрясений в IV веке вообще много страдали города, и известиями о них переполнены летописи современных им писателей. Но это землетрясение было особенно ужасным, какого еще не бывало в Константинополе. Почва всколыхалась, как море, и дома трескались и распадались, погребая под своими развалинами несчастных жильцов.
Вдобавок к этому Босфор вышел из берегов, а злоумышленники осуществляли поджоги с целью скрыть следы своего грабежа и хищничества. Все были объяты ужасом. Императорская семья спасалась бегством, и беспорядок водворился невообразимый.
Среди этого всеобщего смятения и ужаса остался непоколебимым один архипастырь церкви, своим авторитетом заменяя исчезнувшие и растерявшиеся власти. Он восстановил порядок в смятенной столице, ободрил пораженных ужасом, и, когда население понемногу возвратилось в город и успокоилось, он возобновил свои беседы, в которых огненными красками изображал как самое бедствие, так и то нечестие, которым оно было навлечено. Чтобы еще более ободрить народ, св. Иоанн совершил торжественное перенесение мощей св. мучеников в особо устроенный для них храм на противоположном берегу Босфора, в девяти милях от столицы. Перенесение было совершено ночью, и это торжественное шествие многочисленного народа с зажженными свечами, соперничавшими своею яркостью с небесными светилами, и эти восторженные песнопения, раздававшиеся среди ночной тишины, производили глубоко потрясающее и вместе умилительное зрелище. В процессии участвовала сама императрица Евдоксия, которой Златоуст в своей восторженной проповеди и воздал полную дань чести, восхваляя ее религиозную ревность и благочестие. Последующие события показали, что это благочестие отнюдь не было глубоким и не вытекало из внутренних потребностей истинно религиозного сердца; но теперь св. Иоанн искренно радовался и этому внешнему проявлению набожности царицы, пример которой мог благотворно влиять и на всех женщин столицы.
Как ревнитель славы церкви Божией, св. Иоанн Златоуст считал своим долгом строго оберегать те права и преимущества, которые принадлежали ей. Только обладая такими правами, св. церковь и могла с успехом совершать свое просветительное и спасительное дело в мире. Между тем гражданское правительство уже тогда неоднократно заявляло притязания на нарушение или ограничение этих прав и преимуществ, и притом чаще всего по соображениям не столько государственным, сколько личным. Одним из важнейших преимуществ церкви с древнейших времен считалось принадлежавшее ей право убежища. Это право, ведшее свое начало еще от церкви ветхозаветной, было чрезвычайно важно в те времена, когда при господстве самоуправства и грубой силы люди часто могли находить себе убежище от человеческого насилия только у престола Божия, в церкви. И святой Иоанн, как непреклонный защитник слабых и угнетенных, придавал праву убежища великое значение.
Между тем это право все более подвергалось ограничениям, и главным виновником этого был всемогущий в то время евнух Евтропий. Опьяненный достигнутым им всевластием, надменный евнух уже дерзко мечтал со временем захватить самый престол и беспощадно истреблять всех, кого мог считать своими противниками и врагами. Так как многие искали себе спасения от его ярости в церкви, то Евтропий порешил покончить с этим учреждением. Напрасно св. Иоанн Златоуст восставал против этого посягательства на священное право церкви — укрывать беззащитных от злобной ярости людей; евнух, считая притом святого Иоанна своим ставленником, обязанным ему самим своим возвышением на престол константинопольской церкви, настоял на своем, и право убежища действительно было отменено.
Вскоре, однако, случилось событие, которое показало, как непрочно человеческое величие и как необходимо людям иметь себе защитницу в лице церкви. Евтропий своими интригами и дерзкими выходками навлек на себя немилость императора, и положение его поколебалось. А когда он, забывшись до крайности, оскорбил даже императрицу Евдоксию, которая со слезами на глазах и с своими плачущими малютками на руках явилась к императору, прося у него защиты от оскорблений дерзкого царедворца, то судьба его была решена: он был лишен всех своих должностей, и ему угрожала смертная казнь.
Дотоле всевластный царедворец, Евтропий теперь оказался самым жалким и беспомощным человеком. Во всем мире не было у него человека, который бы протянул ему руку помощи и пожалел бы о нем.