Между тем «долгие братья», видя нерешительность св. Иоанна, сами обратились с жалобой на александрийского патриарха к императору и в своей жалобе изложили целый ряд страшных обвинений против Феофила, как человека в высшей степени жестокого и преступного. Дело принимало весьма неприятный для него оборот. Ему угрожал суд, и если бы св. Иоанн согласился стать во главе этого суда, то Феофилу не избегнуть бы кары правосудия. Но он, опасаясь смут и раскола в церкви, уклонился от этого суда, хотя Феофилу уже послано было формальное требование явиться к ответу. Александрийский патриарх быстро понял положение дела и, раньше уже всей душой ненавидя св. Иоанна, теперь порешил излить на него свою злобу и низвергнуть его, чтобы, на место его поставив кого-нибудь из своих подручных ставленников, навсегда устранить самую возможность повторения столь оскорбительных для него требований к судебному ответу. И у него быстро составился план действия.
Если Иоанн принял под свою защиту «долгих братьев», этих проклятых еретиков, последователей осужденного церковью Оригена, значит, он и сам оригенист и как последователь еретика недостоин занимать престола столицы! И вот этот интриган, «умевший хитро составляти лжу», начал действовать в этом направлении с изумительной ловкостью. Посредством своих агентов усиливая ряды врагов Иоанна в столице, он сумел даже восстановить против него такого знаменитого и всеми уважаемого святителя, как св. Епифаний Кипрский.
Зная всю православную ревность этого святителя, который неутомимо боролся с заблуждениями Оригена, Феофил коварно внушил ему, что православию грозит страшная опасность, так как зловредная ересь Оригена проникла в самое сердце церкви и воссела на константинопольском престоле — в лице архиепископа Иоанна! Простосердечный старец-святитель пришел в ужас и, несмотря на свой глубоко преклонный возраст, счел своей обязанностью отправиться в Константинополь, чтобы искоренить ересь. К несчастью, он даже не счел нужным подвергнуть дело обстоятельному расследованию чрез братское собеседование с Иоанном, а прямо считав его зараженным ересью, хоть и не вступил в обычное с ним общение, отслужил литургию в одной из находящихся неподалеку от столицы церквей и даже совершил рукоположение в диакона, не испросив на то соизволения местного епископа, как это требовалось каноническими правилами. Принятый с необычайными почестями при дворе со стороны императрицы, Епифаний поселился в частном доме и, не сносясь с Иоанном, порешил сразу при торжественном богослужении в соборной церкви архиепископа совершить великое отлучение над всеми приверженцами Оригена, в том числе прикровенно и над самим Иоанном. Видя все это, св. Иоанн скорбел душой и старался всячески успокоить старца, разъясняя ему, как неблагоразумно совершать столь великое дело, как отлучение, не подвергнув тщательному соборному исследованию самой основательности обвинения. Епифаний действительно заколебался, тем более что от весьма многих он стал слышать совершенно иные отзывы об Иоанне, как человеке глубокой веры, великой добродетели и беспорочной жизни, и недоумевал, что же все это значит.