Собор составился из 23 епископов, и это незаконное сборище, открывшее двери всем клеветникам и недоброжелателям Иоанна, начало производить суд над святейшим архиепископом, златословесным учителем вселенной! Выслушав показания разных проходимцев, отрешенных от должности диаконов и расстриженных монахов, изливавших свою злобу на подвергшего их заслуженной каре святителя, собор составил обвинительный акт в 29 пунктов и потребовал от Иоанна, чтобы он явился для ответа.
Иоанн с горечью видел, что злоба его врагов начала увенчиваться успехом, и простодушно удивлялся, как все это могло случиться и как Феофил, сам вызванный в качестве обвиняемого, успел так скоро изменить положение дела и сам выступал обвинителем и судьей. Собрав вокруг себя преданных ему епископов в числе сорока, он обратился к ним с трогательной речью: «Молите Бога о мне, братие, — говорил он, — и если любите Христа, не отходите от церквей ваших; для меня уже приблизилось время бед, и, приняв много скорбей, я должен отойти из жизни сей. Вижу, что сатана, не вынося моего учения, созвал уже против меня соборище. Но вы не скорбите обо мне, но поминайте меня в молитвах ваших». Эта глубоко трогательная речь привела всех в ужас, и они заплакали.
Утешив их, Иоанн выработал план действия и, полный сознания своей правоты, порешил не признавать законности и правоспособности придубского собора и, несмотря на неоднократный вызов его на этот собор в качестве обвиняемого, отказался явиться на него. Разъяренные этим отказом, члены придубского собора даже избили посланных им с ответом епископов и пресвитеров, ввергнув одного из них в железные кандалы, уже заготовленные для Иоанна, и затем, подкрепив себя новыми лжесвидетелями, продолжали заочно судить ни в чем не повинного и чистого сердцем святителя.
А он в то же время, заседая с своим собором, с полным спокойствием смотрел в лицо надвигавшейся на него бури бедствий и, вполне сознавая свою невинность, говорил: «Пусть пенится и ярится море, но камня оно не может сокрушить; пусть вздымаются волны, но Иисусова корабля не могут потопить. Чего нам бояться? Смерти ли? — Но мне еже жити — Христос, и еже умрети — приобретение. Изгнания ли бояться? — Но Господня есть земля и исполнение ея! Бояться ли отнятия имений? — Но всем известно, что мы ничего не принесли с собой в мир, как ничего не можем и взять с собою. Я ни нищенства не боюсь, ни богатства не желаю, ни смерти не страшусь; молю только об одном, — заключил он, — чтобы вы преуспевали в добром».
Такие речи могли вытекать только из сердца праведника, вся жизнь которого сосредоточивалась во Христе, и для него бесстрашны были все козни врагов.
Не имея возможности вызвать Иоанна на суд, незаконное сборище порешило осудить его заочно, и действительно, на основании всех выслушанных клевет и обвинений, оформленных в 32 пунктах, Иоанн был объявлен достойным низвержения, и состоявшееся постановление было отправлено на утверждение императору. Малодушный император, видя теперь пред собою не только страшный для него нрав злорадствующей царицы, но и целое соборное определение, и опасаясь, что ему угрожает масса всяких хлопот и неприятностей в случае сопротивления, порешил лучше пожертвовать святителем и, утвердив постановление, дал приказ об удалении Иоанна.
Уже отправлены были воины с наказом взять его и отправить в ссылку. Но, лишь только слух об этом разнесся по городу, как народ заволновался и массами двинулся на защиту своего любимого архипастыря. Назревало кровопролитие между народом и войском. Тогда невинно осужденный праведник, желая избегнуть бесполезного смятения и неповинных жертв человеческих страстей, сам тайком вышел из своего дома и отдал себя в руки воинам, которые немедленно отвели его на пристань, посадили на корабль и отправили в Пренет, близ Никомидии.
Все это случилось под покровом ночи, и когда наутро народ узнал, что его возлюбленный святитель, бесстрашный проповедник правды, защитник сирых, бедных, труждающихся и обремененных, златословесный Иоанн уже удален и сослан, то в столице началось страшное смятение. По улицам разыгрались схватки и буйства, во время которых многие были изувечены и даже убиты, и городу угрожали разные бедствия. Народ заволновался, как разъяренное море, и повсюду — и в церквах, и на площадях — только и было речи, что о вопиющей неправде состоявшегося над Иоанном суда.
Среди толпы поднимались даже шумные голоса, требовавшие, чтобы главный виновник этого горестного события — Феофил александрийский — был побит камнями, и это, несомненно, и случилось бы, если бы он, узнав об угрожающей ему опасности, тайно не выехал из столицы. Тогда, не имея возможности излить свою ярость на Феофила, народ огромной массой двинулся ко дворцу и там с криками и рыданиями просил, чтобы ему возвращен был святитель Иоанн.