Вторая публикация описывала случай молодого пекаря, которого Фрейд наблюдал с 3 октября 1884 года до его смерти 17 декабря того же года. Фрейдом был поставлен диагноз эндокардита с пневмонией вместе с острым полиневритом (спинным и церебральным) — все это подтвердила аутопсия, проведенная Кунрадтом.
Третья рассматривала случай мышечной атрофии с любопытными сенсорными изменениями, и Фрейд поставил диагноз сирингомиелии, очень немногие случаи которой были известны в то время. Пациент, 36-летний ткач, находился под наблюдением Фрейда в течение шести недель начиная с 10 ноября 1884 года, а затем покинул больницу.
В 80-х и 90-х годах электрогальваника и электроиндукция были распространены не только в диагностике неврологических заболеваний, но еще больше в их терапии. Фрейд рано ощутил потребность приобрести знания по этому предмету. С марта 1884 по июль 1885 года Фрейд предпринимал различные исследования в этой области совместно с несколькими коллегами: Беттлхеймом, Гейтлером, Пловицем и другими. Единственными темами, упоминаемыми Фрейдом в этой связи, были: изучение процессов электропроводимости нервномышечной системы под воздействием электрического возбуждения нерва, а также проведенное вместе с Кёнигштейном исследование электровозбуждения зрительного нерва. Однако он никогда не опубликовал ничего по этой тематике. Представляет интерес высказанное им замечание в период лечения своего первого частного пациента электрическими процедурами. Фрейд считал, что в подобных случаях лечат больше воздействием своей личности, чем инструментами.
Но, вероятно, не следует слишком подробно останавливаться на деятельности Фрейда в клинической неврологии, так как в основном его внимание в этот период было обращено к гистологическим исследованиям. В течение двух лет, которые Фрейд провел в лаборатории Мейнерта — с лета 1883 года по лето 1885 года, — он проделал большую исследовательскую работу. Подобно всем научным работникам, Фрейд хорошо осознавал всю значимость техники — аналогичным образом он проявил себя в студенческой работе — и теперь предпринимал многочисленные попытки открыть новые методы исследования нервной ткани. Две из них оказались удачными. Темы для них Фрейд почерпнул из мимоходных высказываний Флексига, являвшегося основным соперником Мейнерта. Этот факт, возможно, и положил начало отдалению Мейнерта от Фрейда.
Фрейд приступил к работе в этом направлении через две недели после перехода в новую лабораторию; он был уверен, что в случае успеха звание доцента ему обеспечено, но это оказалось не столь простым делом. В октябре Фрейд задался идеей, которая, как он считал, должна была принести ему удачу (на это суеверному Фрейду указывало то, что подаренное ему Мартой кольцо разбилось). Он заимствовал мысль, высказанную мельком в 1876 году Флексигом, что, вероятно, можно окрасить нервную ткань раствором хлористого золота. После нескольких недель экспериментов с помощью своего друга-химика Люстгартена Фрейд добился успеха и написал ликующее письмо, как если бы все трудности, связанные с его карьерой, были теперь преодолены. Собрав нескольких своих друзей, он заставил их поклясться, что они будут хранить секрет этого открытия, а затем даровал им разрешение пользоваться этим новым чудесным методом в их работе. Так, Голлендеру было позволено пользоваться этим методом для работы, связанной с мозгом, Люстгартену — для исследования кожных тканей, Эрманну — для работы с надпочечной железой и Горовицу — для изучения мочевого пузыря. «Таким образом, я распределил различные части тела подобно главнокомандующему». К концу месяца он был готов применить этот метод в своей работе.
В феврале он услышал, что Вейгерт изобрел новый метод окрашивания нервной ткани, поэтому поспешил отправить «Предварительное сообщение» о своем открытии в
Фрейд был крайне доволен успехом своего метода, который давал ему «удивительно ясную и точную картину» нервных клеток и волокон. В то время этот метод произвел некоторую сенсацию. Даже были пожелания о публикации этой работы на чешском, итальянском и русском языках. Однако последующие исследовательские опыты, проведенные разными учеными, дали весьма противоречивые результаты: в одних случаях были получены отличные результаты, в других — более сомнительные.