Под руководством Брюкке Фрейд ранее исследовал клетки спинного мозга, той части нервной системы, которая все еще представляла для него наибольший интерес, но для того, чтобы сделаться невропатологом в широком смысле этого слова, необходимо было продвинуться дальше. Поэтому теперь он начал исследование продолговатого мозга. Много лет спустя, комментируя свои медицинские попытки объяснить патологический страх нарушениями в деятельности продолговатого мозга, Фрейд с иронией писал: «Продолговатый мозг — очень серьезная и прекрасная вещь. Я очень хорошо помню, сколько времени и труда я посвятил его изучению много лет тому назад. Однако сегодня я должен сказать, что не знаю чего-либо, что казалось бы мне более неподходящим для психологического пок ^мания страха, чем знание тех нервных путей, по которым следуют его возбуждения».
Фрейд сосредоточенно работал над изучением структуры продолговатого мозга в течение двух лет и опубликовал три работы на эту тему. Структура этого чрезвычайно сложного органа небольших размеров, в котором сосредоточено огромное количество нервных трактов, была в то время очень плохо изучена и вызывала много споров. Для того чтобы проследить волокна, проходящие через продолговатый мозг, до их связей в другом месте, требовались большая сноровка, терпение и точность. Особого внимания в исследованиях Фрейдом этой малоизвестной области заслуживает принятый им метод. Уже в ноябре 1883 года Фрейд мечтал об абсолютно новой технике для исследования более тонкой структуры центральной нервной системы. Он уже принял во внимание замечание Флексига о возможности окраски нервной ткани раствором хлористого золота, и, по крайней мере в его руках, этот метод давал намного более ясную картину, чем какой-либо другой. Теперь он воспользовался другим и намного более важным открытием Флексига; а именно тем, что процесс формирования миелиновой оболочки нервных волокон головного и спинного мозга происходит не одновременно, а в определенной последовательности. Это давало надежду на дальнейшую помощь в дифференциации. Он считал, и справедливо, что этот метод был намного эффективнее широко распространенного в то время метода — изучать большие серии последовательных срезов, — и весьма скептически относился к сделанным на его основе заключениям. Это эмбриологическое открытие Флексига стало путеводителем для поиска анатомических взаимосвязей. Поэтому он заменил взрослую структуру мозгом плодов, где поначалу видно лишь несколько миелинизированных проводящих путей вместо «неразборчивых картин поперечных сечений, которые позволяют сделать едва ли что-либо большее, чем поверхностный топографический обзор». Затем, сравнивая срезы зародышей на различных уровнях, можно было непосредственно наблюдать ход и связи нервных проводящих путей, о которых можно было только догадываться в их зрелом виде. Обнаружилось, что самые ранние структуры продолжают существовать и никогда не погибают, хотя становятся все более сложными в ходе развития. Для этой цели он сначала использовал мозг котят и щенков, а затем их же мозг в зародышевом и младенческом состоянии.
Фрейд опубликовал лишь часть своих текущих исследований по продолговатому мозгу; к тому времени, когда они были закончены, он перешел к более сложным клиническим проблемам.
Первая из трех его работ, посвященных корешкам и связям слухового нерва, появилась в
Третья работа была напечатана в августовском и сентябрьском номерах специального отологического журнала за 1886 год и снабжена несколькими иллюстрациями. Она давала детальное описание происхождения связей слухового нерва, но основной смысл этой работы заключался в показе Фрейдом того, что ядра пятого, восьмого, девятого и десятого (чувствительных) черепномозговых нервов с их тройными корешками на всем протяжении являются гомологичными задним корешкам ганглиев спинного мозга. Он даже обсуждал маршрут, выбираемый этими ядрами в их движении наружу, достигаемом спинными ганглиозными клетками, и детально иллюстрировал это в случае слухового нерва.