19 мая 1606 года новым царем был «выбран» организатор заговора против Лжедмитрия I, престарелый князь В.И. Шуйский (годы правления 1606–1610), который при своем вступлении на престол дал московским боярам «крестоцеловальную запись», в которой «целовати крест на том, что мне, великому государю, всякого человека, не осудя истинным судом з бояры своими, смерти не предати, и вотчин, и дворов, и животов у братии их, и у жен и у детей не отъимати» . В отношении этой крестоцеловальной клятвы присяги в исторической науке до сих пор существуют разные оценки. Одни авторы (В. Ключевский, А. Кузьмин, Г. Абрамович), ссылаясь на «Иное сказание» (1625), в котором сохранилась эта уникальная «запись», утверждают, что она существенно ограничивала власть нового монарха в пользу родовой аристократии, их оппоненты (С. Платонов, Р. Скрынников) отрицают этот факт. Василий Шуйский, став царем, не сумел достичь умиротворения страны. Постепенно развертывался новый этап смуты. Шуйского признавали царем далеко не по всей России. Кроме того, Шуйский был «боярским царем», что не добавляло ему популярности в народе. Власть над огромной державой сосредоточилась в руках лишь узкого круга знати, а между столицей и большинством других городов России существовал сильный антагонизм.
В начале 1610 года трон царя Василия заколебался. В марте 1610 года в результате отравления скоропостижно скончался способный и популярный воевода, князь М.В. Скопин-Шуйский, что окончательно лишило правительство его престарелого дядьки Василия Шуйского каких либо перспектив остаться у кормила власти. А брат царя, бездарный Дмитрий Шуйский повел москвичей на освобождение Смоленска и в июне 1610 года у села Клушиным был разбит польским гетманом Жолкевским. Этот Жолкевский стал забирать русские города и приводил население к присяге Владиславу, согласно состоявшемуся договору. В результате поляки заняли Можайск, Волоколамск и Дмитров, и стали стремительно продвигаться к Москве. В этой критической ситуации под руководством З.П. Ляпунова в Москве вспыхнул новый мятеж, в ходе которого Василий Шуйский был свергнут в июле 1610 года с престола, насильно пострижен в монахи и заточен в Чудов монастырь. Свергнутый царь Василий Шуйский и два его младших брата, князья Дмитрий и Иван Шуйские были выданы Жолкевскому и отправлены поляками под караулом сначала в Смоленск, а затем под Варшаву, где в Гостынском замке в 1612 году два старших брата – Василий и Дмитрий нашли свое последнее упокоение.
Тем временем на политической арене России появляется новая фигура исторического масштаба – И.И. Болотников. По данным профессора В.И. Корецкого, в далекой юности он был военным холопом князя Андрея Ивановича Телятевского, во время голода бежал от своего господина к донским казакам, затем попал в плен к крымским татарам, которые продали его туркам на галеры, и только после всех этих злоключений он был выкуплен венецианскими купцами и отпущен ими на родину. Возвращаясь в родные пенаты, И.И. Болотников оказался в Путивле, где местный воевода князь Г.И. Шаховской поднял мятеж против Василия Шуйского. Именно ему и боярскому сыну Ф.И. (Истоме) Пашкову мятежный воевода поручил возглавить его повстанческую армию и начать новый поход на Москву.
В июле – августе 1606 года И.И. Болотников и Ф.И. Пашков разгромили правительственную армию князей Ю.Н. Трубецкого и И.М. Воротынского под Кромами и Ельцом. А в сентябре 1606 года они разбили царские войска князя Д.И. Шуйского под Калугой и Каширой и, пополнив свои ряды отрядами тульских и рязанских дворян во главе с И.Н. Сумбуловым и П.П. Ляпуновым, двинулись к Коломне. Здесь состоялась их решающая битва с правительственной армией под командованием трех царских воевод – князей Ф.И. Мстиславского и И.М. Воротынского и боярина М.Б. Шеина, в которой повстанцы одержали вверх и продолжили свое победоносное шествие к столице.
В октябре 1606 года армия И.И. Болотникова, разбив лагерь в подмосковном селе Коломенском, начала осаду Москвы. Вскоре в лагере повстанцев произошел раскол и в результате сначала П.П. Ляпунов и И.Н. Сумбулов, а затем и Ф.И. Пашков переметнулись на сторону Василия Шуйского. В начале декабря 1606 года И.И. Болотников потерпел сокрушительное поражение от князя Ф.И. Мстиславского и отошел к Калуге, осаду которой в январе 1607 года начали правительственные войска.