Реорганизация вооруженных сил в пользу постоянных войск на местах потребовала создания военных округов (разрядов), объединявших несколько уездов. В результате образовалось промежуточное звено управления – разряд (разрядный центр). Во второй половине XVII века дальнейшее развитие получают военно-административные округа – разряды, которые создавались в пограничных (Белгородском, Смоленском, Воронежском) уездах страны. Воеводами разрядов, как правило, назначались бояре, которым подчинялись уездные воеводы. Права и обязанности «разрядных» воевод не были четко определены, но их главная задача состояла в мобилизации сил для отпора внешнему врагу. Приказная изба такого уезда расширила свои военно-административная функции, и стала именоваться разрядной избой, или приказной палатой. Выделение разрядных изб и приказных палат создавало учреждения промежуточного типа, предвосхищавших будущие губернские канцелярии, – это было предпосылкой петровской губернской реформы.
В XVII веке проявился со всей отчетливостью столь характерный для России конфликт государственной администрации на местах и местного (земского) самоуправления. Центральные приказы, стремясь к укреплению своей власти на местах, ищут опору, но не в земском самоуправлении (самоуправляющихся мирах), значение которых возросло в период смуты, а в усилении приказного областного управления. Их опорой на местах становятся воеводы, которые в силу обстоятельств смутного времени, приобрели чрезвычайно широкие полномочия. Они соединяли в своих руках военную команду с управлением финансовым, полицейским, с судом и расправой над целым уездом и по отношению ко всем разрядам населения.
Общая организация местной администрации вызывала нарекания. Порядок кормления воевод со всем своим приказным людом «от дел» в совокупности с низким нравственным уровнем администрации, отравленной навыками «разрухи», при отсутствии контроля и ответственности, не ставил сколько-нибудь действенных сдержек со стороны государства и общества, а служил питательной почвой для лихоимства и вымогательства, произвола и казнокрадства. Население скоро стало роптать на воеводскую власть, возненавидело приказных людей, а прежние органы местного самоуправления оказались вполне подавленными этой новой силой, и превратились в подчиненных исполнителей ее распоряжений, неся черную административную работу.
До конца XV века Русь платила дань ордынским властям. Единицей обложения согласно азиатской практике была взята «голова», и введена поголовная подать (вместо поимущественной, привычной для европейцев). С целью учёта податного населения монголо-татары трижды в XIII веке проводили его переучёт. Сначала выход (дань) собирали специальные сборщики – баскаки, а с 1290 года сами русские князья. С 1327 года, начиная с Ивана Калиты, сумевшего подавить восстание против татар в Твери, сбор выхода попал в руки московских князей, что, надо полагать, весьма способствовало накоплению ими значительных богатств. В XV веке стали проводиться периодические (раз в 20–30 лет) писцовые описания, в ходе которых в особые писцовые книги заносились все подлежащие обложению статьи доходов населения страны. Утверждается система сошного письма.
Россия унаследовала налоговую систему от времен удельной раздробленности. В каждой земле существовали свои налоги, оброки и повинности, соответствовавшие традиции. В итоге реформ середины XVI века власти добились единообразия в налогах. Они ввели «большую соху» как единицу обложения по всей стране. Поскольку главной ценностью эпохи средневековья была земля, она и стала главным мерилом обложения. Московская земельная соха – единица обложения – включала в себя то или иное количество земли, в зависимости от её владельческой принадлежности (земля поместно-вотчинная, церковная, чёрная – крестьянская) и от её качества (земля добрая, середняя, худая). На вотчинных землях соху составляли 800 четвертей (четверть половина десятины, десятина – 1,09 га). На доброй земле – 1000 четвертей середней и худой земле – 1200 четвертей; на церковных соответственно 600, 700 и 800 четвертей; на черных землях 500, 600 и 700 четвертей. На посадах в соху записывалось то или иное количество дворов, в зависимости от их состоятельности (40 добрых, 60 середних, 80 молодших, 100 добре бедных). Учитывались при этом все статьи доходов. В городе от ремесла, торговли, лавок, амбаров, рыбных ловель, пашен наездом, лугов и выгонов для скота. В сельской местности – от земли, от промыслов, охоты, рыбной ловли, бортничества и пр. Для небольших частных владений сохи делились на выти – части, а выти, в свою очередь, распределялись по дворам.