Кроме прямого налога – сохи имели место и косвенные налоги, постоянно возраставшие по мере роста государственных потребностей (на содержание войска, бюрократического аппарата). Это ямские деньги, полоняничьи (на выкуп пленных), стрелецкая дань, торговые пошлины (тамга, осмничее, весчее, пятенное и пр.). Они отдавались на откуп, а позднее, с XVI века, собирались выборными людьми, старостами и целовальниками.
Имела место с древнейших времен такая государственная регалия, как питейная. Приготовление и продажа пива, меда и вина (водки) находилось в руках государства, которое устраивало «кружечные дворы» и отпускало напитки по норме в одну чарку.
В середине XVI века был введен ряд общегосударственных налогов, преимущественно военного назначения: на городовое, засечное и ямчужное (пороховое) дело. Сбор этих налогов был поручен созданному примерно в 1533–1534 году финансовому Приказу большого прихода. Кроме прямых налогов, впоследствии этот приказ заведовал сбором таможенных пошлин, а иногда и ямских денег. С ликвидацией наместников по земской реформе 1555–1556 года налог («кормовой оброк»), собираемый с тяглого населения в их пользу, стал поступать государству. В связи с этим прием «кормового оброка» еще до земской реформы в Москве от земских старост и целовальников поручался по совместительству дьякам уже существовавших приказов. Эти дьяки назывались «кормленными».
В тесной связи с возросшими задачами Русского государства – увеличением войска, усложнением государственного управления, находилось и учреждение финансовых приказов. По мере возрастания налоговых поступлений и усложнения задач казенной, посольской и поместной «изб» взимание кормленного оброка в 1560–1570-е годы обособляется в приходные кассы – «избы», называемые четвертями («четями»). Деньги, собранные четвертными приказами, выдавались служилым людям в форме жалования раз в четыре года. Этим очевидно, и объясняется название приказов – «четверти». Несмотря на то, что во главе четей иногда по-прежнему стояли дьяки других приказов, в 1570–1590-х годах они являлись самостоятельными финансовыми приказами с более постоянной подведомственной им территорией, которая подчинялась им не только в финансовом, но и в административно-судебном отношении.
Сбор государственных прямых налогов в отдельных местностях осуществляли четвертные приказы, которые с начала XVII века носят территориальные названия: Нижегородская (1601), Галицкая (1606), Устюжская (1611), Владимирская (1629) и Костромская (1629) четверти. Четвертные приказы были не только финансовыми, но и территориальными ведомствами. Они ведали населением городов и уездов, управлением и судом. Новгородской четверти были подведомственны 65 городов, Галичской и Устюжской – по 22 города, Владимирской – 26 городов, Костромской – 21 город. Если территория Новгородской четверти представляла собой более или менее сплошной массив бывших новгородских земель, то города других четвертей были разбросаны по всему государству.
В XVII веке с целью более тщательного учета доходов сельского населения от промыслов и торгов и в сельской местности единицей обложения становится двор. Во время писцовых описаний большее внимание стали уделять учету всего мужского населения, живущего во дворе, независимо от его отношения к дворовладельцу. В переписные книги вносились все лица мужского пола, начиная с 1 года. Пытаясь уйти от налогов (тягла), дворы, в учете которых все более утверждался формальный подход, перестали делиться. Придя к власти и проведя перепись (ландратскую), Петр I обнаружил резкое сокращение численности облагаемых дворов, в которых проживало до 35–40 человек. Но он всё же перехитрил налогоплательщиков, вернувшись к азиатчине и введя в 1718 году подушную подать.
Сбором прямых и косвенных налогов с большей части государства в XVII веке ведал Приказ Большого прихода. Он же сдавал на откуп бани, лавки, гостиные дворы и погреба, взымал плату с клеймения товаров, с мер «чем всякие товары и питья меряют», ведал таможенными сборами. Иногда этому приказу передавались и ямские сборы. В отличие от других финансовых приказов Приказ Большого прихода был чисто финансовым приказом, не управляющим никакой территорией. В 1680 году дела этого приказа были переданы в Приказ Большой казны. Этот приказ возник в 1622 году и ведал он сборами налогов с городского населения, занятого торговлей и ремеслами. В отношении к этому населению приказ выполнял административные и финансовые функции. В ведении Приказа Большой казны находился и Денежный двор, который распоряжался чеканкой монеты.
Практически все денежные потоки находились под контролем Московского правительства. В 1623 году впервые в финансовой истории России была составлена «годовая большая система» – первый российский государственный бюджет.