В этот период начинается становление Юнга как самостоятельно мыслящего ученого; постепенно он отходит от классического, как сказали бы теперь, психоанализа. Он проглатывает тома по мифологии, этнографии, религиоведению, астрологии. У Юнга постепенно вырисовывается концепция его следующей книги — «Символы и метаморфозы либидо». Фрейд также занимается символами, мифами, сновидениями и первобытным мышлением. Однако для Фрейда мифы не более чем индивидуальные детские фантазии, сводимые к принципу удовольствия[8]. Для Юнга мифология — это выражение универсально-человеческого, коллективного бессознательного. По-разному эти двое ученых определяли для себя и либидо. Юнг не мог смириться с тем, какую роль отводил Фрейд либидо: он практически абсолютизировал его. По мнению Юнга, либидо не должно пониматься в сугубо сексуальном плане. В то время Фрейд связывал либидо (психическую энергию) с сексуальным влечением (впоследствии он также добавил к своей концепции влечение к смерти). Для Юнга же либидо есть психическая энергия вообще, лишь в отдельных случаях она выступает как сексуальное влечение. Психика, по Юнгу, — это саморегулирующаяся система, в которой идет постоянный обмен энергиями между ее элементами. Обособление какой-либо части психики ведет к утрате энергетического равновесия. Другими словами, сознание отрывается от бессознательного (это свойственно современному человеку), и последнее пытается компенсировать этот разрыв. В проблемных ситуациях, с которыми сознание справиться не может, бессознательное подключает свою энергию и говорит с нами прежде всего в наших снах.
По мнению Юнга, Фрейд «принимал сексуальную теорию слишком близко к сердцу», для него она была чем-то нуминозным, то есть божественным. Юнг вспоминал в автобиографии, что однажды Фрейд сказал ему: «Мой дорогой Юнг, обещайте мне, что вы никогда не откажетесь от сексуальной теории. Это превыше всего. Понимаете, мы должны сделать из нее догму, неприступный бастион». Он произнес это со страстью, тоном отца, наставляющего сына: «Мой дорогой сын. ты должен пообещать мне, что будешь каждое воскресенье ходить в церковь». Скрывая удивление, Юнг спросил его: «Бастион — против кого?» — «Против потока черной грязи… — На мгновение Фрейд запнулся и добавил: — Оккультизма». Для Юнга такая позиция была неприемлема. Он относился к тому разряду ученых, для которых любая гипотеза либо теория ценна до тех пор, пока соответствует сегодняшнему дню и современным данным. Гипотеза не может оставаться неизменной на все времена. Вне сомнения, если бы Юнг жил в наше время, его теоретические воззрения были бы другими. Фрейд же пытался, как считал Юнг, сделать из своей теории догму, нечто, не нуждающееся в доказательствах, стремился ввести личный диктат. Догма всегда подразумевает слепую веру, не допускающую каких-либо сомнений. «И тогда мне стало понятно, что наша дружба обречена; я знал, что никогда не смогу примириться с подобными вещами. К оккультизму Фрейд, по-видимому, относил абсолютно все, что философия, религия и возникшая уже в наши дни парапсихология знали о человеческой душе. Для меня же и сексуальная теория была столь же оккультной, то есть не более чем недоказанной гипотезой, как всякое умозрительное построение. Как мне представлялось, научные истины являются такими гипотезами, которые могут быть адекватны моменту, но не могут сохраняться как символы веры на все времена».
В 1910 году проходит II Международный конгресс психоанализа. Отношения между Фрейдом и Юнгом уже не столь теплые, но тем не менее именно Фрейд настаивает, чтобы Юнга выбрали постоянным президентом конгресса. Он откажется от этой должности в 1913 году. В этом же году у Юнга рождается третья дочь, Марианна.