В последующие десятилетия вооруженные новой концепцией исследователи обнаружили немало подтверждений механизмов СТЭ — видов, «захваченных» в процессе разделения и становления. Часть постулированных ею процессов удалось даже воспроизвести в эксперименте, причем на таких разных группах, как насекомые и дрожжи. Так, если разделить исходно однородную популяцию на две части и вести в них отбор в противоположных направлениях, скрещивание их представителей со временем становится затрудненным или даже невозможным. Правда, никто не наблюдал становления нового семейства или отряда, не говоря уж о классах и типах, поскольку эти процессы должны идти в геологическом масштабе времени. Теоретики СТЭ не видели здесь никаких принципиальных трудностей: по их мнению, эволюционное становление крупных групп ничем принципиально не отличается от видообразования. Если потомкам разделившегося вида повезет, то они, эволюционируя независимо друг от друга, постепенно накопят различия, соответствующие уровню разных родов, а потом и более высоких уровней биологической классификации.
Конечно, на самом деле СТЭ гораздо глубже и сложнее: важную роль в ней играют случайные изменения генных частот («дрейф генов»), резкие колебания численности популяций и другие факторы вплоть до изменений в поведении групп животных. Но именно генетические механизмы оказались в центре внимания эволюционной теории ХХ века. При этом традиционные морфологические исследования «кто кому родня» не прекратились, но стали уделом специалистов по конкретным группам. Впрочем, и в эту область все больше проникает генетический подход. В самом деле, зачем спорить, происходит ли группа А от группы В, с которой ее роднит тип эмбрионального развития, или от группы С, имеющей тот же уникальный ротовой аппарат, надо просто взять белки или фрагменты генома представителей каждой группы, расшифровать их, а дальше компьютерная программа, сопоставляя «разночтения», сама построит наиболее вероятное филогенетическое дерево.
Расхожие аргументы против эволюции