Теория эволюции не доказана и остается лишь гипотезой. Как показал еще в 1930-е годы классик философии науки Карл Поппер, никакая научная теория не может быть доказана окончательно. Любая научная теория — это обобщение известных фактов. И всегда остается возможность, что завтра будет открыт факт, не укладывающийся в данную теорию.
Верно и обратное: принципиально неопровержимая теория не может считаться научной. Именно поэтому сообщество ученых отказывается признавать так называемую теорию разумного замысла (Intelligent Design Theory). Невозможно представить факт, который мог бы опровергнуть предположение, что живые существа целенаправленно созданы некой разумной силой. Следовательно, оно лежит вне науки. Живые существа слишком сложно устроены, чтобы возникнуть в результате случайности. Сторонники этого тезиса ссылаются на расчеты времени, необходимого для случайного возникновения самого простенького белка. Оно на много порядков превышает возраст Вселенной. Но странно: никто из них не замечает, что во всех подобных расчетах отсутствует... естественный отбор. Сторонники подобных взглядов ломятся в открытую дверь, доказывая невозможность самозарождения живого организма из случайно собравшихся вместе молекул. Кроме того, теория Дарвина, строго говоря, не содержит утверждений о том, как появилась жизнь, и не опирается на какие-либо гипотезы в этой области. Никто никогда не видел, чтобы один вид превращался в другой. Случаи распадения единой популяции на нескрещивающиеся формы под действием разнонаправленного отбора зафиксированы в экспериментах и полевых наблюдениях над дрозофилами, рачками-бокоплавами, дрожжами, лососями и т. д. Однако вид — это не просто множество особей, способных к взаимному скрещиванию, но прежде всего уникальная экологическая ниша. Поэтому о появлении нового вида можно говорить лишь тогда, когда созданная форма займет определенное место в какой-либо экосистеме. Наибольшим успехом в «видотворчестве» можно считать опыты советского энтомолога Георгия Шапошникова на тлях, каждый вид которых способен питаться только одним видом растений. Тли, пересаженные со «своего» растения на близкородственное, пройдя за несколько десятков поколений через тяжелый кризис, утрачивали способность скрещиваться с исходным видом и приобретали сходство с тлями нового хозяина. В палеонтологической летописи нет переходных форм между известными группами. Редкость переходных форм смущала еще Дарвина, полагавшего, что если они не будут найдены, это станет опровержением его теории. Однако согласно современным взглядам крупные эволюционные изменения весьма скоротечны по сравнению со временем стабильного существования вида (и, вероятно, происходят на ограниченных территориях). Поэтому среди ископаемых останков переходные формы должны попадаться неизмеримо реже стабильных, что и наблюдается в действительности. Тем не менее известно немало ископаемых существ, сочетавших в себе признаки рыб и амфибий, рептилий и млекопитающих, голосеменных и цветковых растений и т. д. Но, как замечает известный популяризатор эволюционной теории Ричард Докинз, когда ученые находят ископаемое, попадающее в середину очередного «разрыва», креационисты только радуются: теперь в этой линии будут два «разрыва» вместо одного. Восстановить же облик каждого поколения предков той или иной группы заведомо нереально.