Классический фрейдистский анализ был неприемлем как наука о сексуальных извращениях. Эдипов комплекс был заменен на комплекс семьи. Фрейда провозгласили предателем человечества (Дарвин тоже вошел в их число), который ниспровергал высшие качества светлокожих народов. Юнга, арийца, все еще работавшего у своего озера в Цюрихе, считали подходящим человеком для нового порядка М. Х. Геринга, и в 1930-х годах Юнг позволил нацистам воспользоваться своим авторитетом. Возможно, он намеренно старался подняться на ступеньку выше за счет Фрейда. Если Юнг и не был антисемитом, он был агрессивным проарийцем: для Европы времен Гитлера разделить эти понятия было достаточно сложно. Впоследствии он говорил: «Что ж, я оступился».
Реакцией Фрейда на нацизм стало стремление подчеркнуть свою принадлежность к евреям, которая была далеко не однозначной. Он был атеистом и избегал еврейских ритуалов. Он участвовал в еврейских свадьбах только против своей воли. Ни одному из его троих сыновей, по всей видимости, не было сделано обрезание. Но Фрейд не мог игнорировать свое происхождение, да он этого и не хотел. Эрнест Джонс в своем некрологе писал, что достижения Фрейда были бы невозможны без его национальных особенностей, среди них «особенной национальной проницательности» и «скептического отношения к иллюзиям и обману». Более сложные приемы, использованные, например, Сандером Л. Гилменом, показывают, как Фрейд и евреи в целом определяют себя в соответствии с тем, что неевреи говорят об их внешности, сексуальности и характере, часто выражаясь враждебно и неприлично.
Что именно означала для Фрейда принадлежность к евреям, он, по его словам, не мог объяснить. В 1935 году он говорил корреспонденту: «Я всегда сохранял верность своему народу и никогда не притворялся не тем, что я есть: евреем из Моравии, родители которого родом из Австрийской Галиции». Даже это простое заявление содержит некоторую характеристику. Галиция раньше была провинцией Австро-Венгерской империи, так что добавлять к ней «Австрийская» было не нужно. Но это выражение делало Галицию как бы ближе и цивилизованнее. Сама Галиция олицетворяла восточные дикие места, из которых на запад устремлялись потоки неевропейских крестьян, вызывая антагонизм, приносивший вред тем, кто уже прижился на западе. Хитрые евреи, с ненавистью высмеиваемые в нацистской литературе, были сродни фигурам, от которых когда-то стремился удалиться Фрейд, когда для него, как и для тысяч других евреев, идеалом был немецкий образ жизни.
Времена менялись, и Фрейд менялся вместе с ними. На свой семьдесят пятый день рождения в 1931 году он ответил на поздравление от главного раввина Вены, что, к своему удивлению, обнаружил, что «где-то в душе, в потайном уголке, я — еврей-фанатик». Возможно, это было чем-то вроде того романтического чувства, о котором он девять лет назад говорил Ференци, — «тайных желаниях», которые он в себе находит, «возможно, доставшихся мне от предков». Но он продолжает выражаться неясно. Гилмен говорит, что «Фрейд всю свою жизнь заново определял для себя сущность еврея».
В ответ на новую волну антисемитизма Фрейд отгородился от современного мира и написал еще одну историю-фантазию, уже последнюю. Это была книга о Моисее, где с помощью психологии Фрейд размышляет о происхождении еврейского народа. Другими словами, сочиняет. Эта идея была описана в письме 1934 года Арнольду Цвейгу, писателю, который уехал из Германии в Палестину. Столкнувшись с «новыми преследованиями», писал Фрейд, он снова задался вопросом, «почему евреи стали тем, что они есть, и чем они вызывают эту неутолимую ненависть». Книга, начатая в 1933 году и написанная в течение следующих четырех лет, изначально носила название «Человек Моисей. Исторический роман», но перед публикацией оно было изменено на «Моисей и единобожие».
В книге было мало утешительных выводов. Во-первых, она представляла новую историю евреев. Согласно этой версии, Моисей был египетским священником благородного происхождения, который вывел рабов-семитов из рабства, заставив их принять свою монотеистическую веру в абстрактного невидимого Бога, который требовал высоких моральных стандартов поведения. Это был «избранный народ», потому что его избрал Моисей. Евреи подвергались обрезанию, поскольку он хотел, чтобы они отличались от других. Кроме того, обрезание было египетским обычаем, и этот аргумент был для Фрейда основным.