Белое вещество состоит из областей или столбиков нервных волокон. На верхней границе атласа или первого мозгового позвонка спинной шнур переходит в медуллу — продолговатость ниже мозжечка. Центральный канал открывается в четвертый желудочек мозга. Мозжечок — это позднее образование, развившееся из самого заднего из трёх первичных расширений церебро-спинального тела эмбриона, и это четвертый желудочек, состоящий из остатка первоначальной полости. Выше него находится мозг, который с частями внизу его есть расширенная и очень сильно измененная верхняя часть церебро-спинальной нервной оси. Спинальный шнур — это не просто проводник между периферическими нервами и центрами ощущений и желаний, но также и независимый центр или группа центров. Есть различные центры в позвоночном столбе, которые имеют значительную автономность, но связаны с высшими центрами через ассоциирующие и продольные области позвоночного столба. Все функции, которые первоначально были приписаны низшим центрам, принадлежат также в окончательном смысле и мозговым центрам. Подобно этому все буквы, которые существуют на лепестках лотосов, существуют и в Сахасраре. Центры влияют не только на сокращение мышц и на произвольные движения, но также и на функции сосудистых иннерваций, секреций и т. д., которые тоже имеют свои центры в первую очередь в позвоночнике. Мозговые центры, однако, контролируют эти функции только в связи с проявлением воли, чувств, эмоций, в то время как спинные центры с подчиненной им симпатической системой представляют собой механизмы бессознательной адаптации в согласии с различными условиями стимулов, которые являются самым существенным для продолжения существования организма.
В то же время медулла — это способ связи между высшими центрами и периферией, и в то же время это независимый центр, регулирующий функции самого высшего значения во всей нервной системе. Нужно отметить, что нервные волокна, передающие двигательные импульсы и спускающиеся из головного мозга к спинному, дальше на своем пути через спинную луковицу (медулла) внезапно переходят с одной стороны на другую — этот факт был отмечен Тантрами в описании Мукта Тривени, связанной многочисленными афферентными и эфферентными нервами с мозжечком и мозговыми ганглиями. Выше мозжечка находится сам мозг, активность которого обычно ассоциируется с сознанием, волей, идеацией и прохождением волевых движений.
Понятие сознания, которое интроспективно содержится в психологии, не должно, однако, смешиваться с понятием о физической функции. Поэтому нет органа сознания, так как сознание — это не органическое явление, и у него нет ничего общего с физиологической концепцией энергии, чью внутреннюю интроспективную идею оно представляет. Сознание само по себе — это Атма. Ум и тело — а мозг это часть тела, — вуалирует проявление сознания, которое поэтому в материальных формах приобретает видимость бессознательного. Живой мозг образован грубой чувствующей материей (Махабхута), возбуждаемой Праной или жизненным принципом. Его материал изменяется так, чтобы можно было создать подходящее промежуточное звено для выражения сознания в форме ума (Антахкарана). И если сознание — это отнюдь не свойство тела, то оно тем более и не свойство мозга, и мозг необходим лишь для проявления сознания, и это вовсе не значит, что сознание присуще мозгу и является его свойством. На каждой стороне позвоночного столба есть цепь ганглий, связанных с нервными волокнами, называемая симпатическим нервным стволом (Ида и Пингала), и протянувшаяся на всем протяжении от черепа до основания позвоночника. Она связана с позвоночником, и было отмечено, что в горловой и поясничной областях есть ганглии, через которые эта цепь регулярно сообщается с каждым спинным нервом, хотя в затылочной области многие из этих нервов появляются, чтобы затем бесследно исчезнуть.
Эти широкие разветвления нервной структуры находятся в области сердца, желудка и легких, — в областях, управляемых Анахатой, Манипурой и Вишуддхой, т. е. в трех верхних из пяти описываемых далее Чакр. Из симпатической цепи на каждой стороне нервные волокна проходят к висцеральной брюшной области и к горлу. От них нервы снова проходят назад, в спинные нервы и в другие, переходящие в черепные нервы и в распределяющиеся по кровеносным сосудам конечностей и других частей тела, к которым идут спинные или черепные нервы. Симпатические нервы главным образом несут импульсы, которые управляют висцеральными мышечными тканями и мышечной оболочкой мелких артерий в различных тканях. Через симпатическую нервную систему поддерживается тонус кровеносных сосудов воздействием вазомоторных центров в спинной луковице.