Многие всё ещё считали, что казнь короля была большим преступлением. Выражая эти настроения была опубликована книга под названием «Королевская икона» (
За восемь лет перед Реставрацией Мильтон проживал в доме на Пети Франс, в близости от всех событий, имеющих место быть как в связи с церковью, так и в вопросах государства. Наступившая Реставрация изменила всё: Мильтон как политик был обречён, даже если бы он и не продолжал писать на политические темы, этого было бы недостаточно, чтобы чувствовать себя в безопасности, из-за текстов, которые он уже опубликовал. Он оставил свой дом на Пети Франс и нашёл приют у друга в Бартоломью Клоуз. На его арест был выдан ордер, но, благодаря многим друзьям, ему удалось избежать тюрьмы. Даже среди врагов были люди, с состраданием думающие о его слепоте, или с большим уважением помнящие его поэтический гений. В июне 1660 года палата общин постановила, что «Разрушитель икон» и «В защиту народа Англии» Мильтона должны подвергнуться публичному сожжению палачом, что и было совершено в августе 1660.
Если верить общему мнению, Мильтон считается пламенным республиканцем. Однако, сам Мильтон выражал такое мнение, что правительство должно быть передано в руки лучших и наиболее мудрых. Если оценивать монархию по тому, за что она обычно ратовала, то у Мильтона не было ни малейших надежд для нации со стороны этого лагеря. С другой стороны, ничто не было более далёким от его мыслей, чем мнение о том, что наилучшее правление должно исходить от множества. Пользуясь его собственными словами, «не присоединяться к тому шуму и гаму, что исходит от грубого множества, но позволить тем из множества, которые действительно квалифицированы, вызваться во всей их множественности; предложив тем, кто лучшего происхождения, выбрать более пристально среди этого числа меньшее количество; так что после третьего или четвёртого отбора оставалось бы определённое число избранных, которые могли бы представлять наиболее подходящие голоса» (цитата из «Готового и наилегчайшего пути образовать свободный Коммонвелш» (
Религиозные убеждения Джона Мильтона