Жить неофициально в Москве было для еврея делом рискованным и опасным. С ужасом вспоминал Великовский смоленскую тюрьму и возвращение в Могилев по этапу арестантом. Официальное право жительства ему можно было получить, только став купцом первой гильдии. И хотя путь этот сложен и продолжителен, другого для него просто не существовало. В течение пяти лет, проживая в черте оседлости, он должен был выплачивать огромный налог — по 1000 рублей золотом в год. Весь налог превышал заработок врача городской больницы примерно за четыре года.
Великовский решил поселиться в Витебске — на перекрестке путей с юга в Петербург и Прибалтику, а из Москвы — в Варшаву и дальше, на запад. И еще одно дело, более важное, предстояло завершить именно теперь.
В 1883 году в Страдове он познакомился с милой и умной девушкой Бейлой-Рахелью. В Страдов она приехала вместе с братом, чтобы хоть в малой мере помочь своему отцу Нахуму Гродински, видному лодзинскому купцу, находившемуся в то время на грани разорения. Шимон и Бейла-Рахель полюбили друг друга. И вот сейчас, когда его материальное положение позволяло создать семью, Шимон написал письмо в Лодзь своему будущему тестю и попросил руки его дочери. Было это летом 1885 года. Только спустя четыре года в канун Рош-ашана молодая чета Великовских поселилась в Витебске. Еще в Страдове у них родился сын Даниил, через два года — второй сын, Александр.
12 июня 1895 года в Витебске, в семье Великовских родился третий ребенок. Младшего сына назвали Иммануилом.
Но вот пришло время, когда отец Иммануила решился переехать в Москву. Здесь дела его сразу пошли в гору. Очень скоро он стал одним из самых видных и наиболее уважаемых оптовых торговцев столицы. Казалось бы, все шло хорошо. И тут выяснилось, что еврейские дети в православной Москве не имеют возможности учиться в гимназии. Поэтому сначала двух старших детей, а потом и Иммануила обучали частные учителя: отец надеялся, что позже удастся устроить детей во второй или третий класс гимназии. Кроме учителей по самым обычным, традиционным предметам в семье Великовских был и еще один, обучавший не только мальчиков, но и их отца. Это был первый в истории Москвы преподаватель иврита. Здесь самым способным оказался Иммануил, с особой заинтересованностью и старанием изучавший Тору и Талмуд.
Результаты обучения превзошли все ожидания. Когда Иммануилу исполнилось одиннадцать лет, финансовое положение отца, пошатнувшееся было во время русско-японской войны, упрочилось, появилась возможность отдать мальчика в гимназию. И вот Шимон сидит в приемной, а за массивной дверью гимназические преподаватели экзаменуют его сына. Время идет, ребенок не выходит, Шимон не знает уже, чего и ждать: время, отведенное на экзамены, давным-давно истекло. Но вот его наконец пригласили в кабинет. Слова директора его потрясли: «Мальчик поразил нас своими знаниями. Ему нечего делать в третьем классе (а по возрасту Иммануил должен был пойти во второй). Это единодушное мнение — мое и обоих учителей. Но… не будем в этом случае выходить из рамок установленных правил. Кроме того, господину Великовскому, вероятно, известно, что 9-я императорская гимназия — одна из самых престижных в России. Так что пусть все идет своим чередом. Ваш сын зачисляется в третий класс». В течение всех шести гимназических лет Иммануил был первым учеником.
Иммануил Великовский окончил гимназию в 1912 году с золотой медалью, что, впрочем, никого не удивило. Тем не менее радость всего семейства не поддается описанию. Дело в том, что золотая медаль давала бесспорное право на поступление в университет в счет пятипроцентной нормы для евреев. Каково же было разочарование Великовских, когда даже с медалью Иммануила в Московский университет не приняли. Тогда они всерьез задумались о возможности поступить в какой-нибудь зарубежный университет; где-нибудь там, где антисемитизм не так силен.
Такое место нашли: в августе 1912 года Иммануил поступил на медицинский факультет университета в Монпелье, на юге Франции. Проучившись здесь год, Иммануил кратко посетил Палестину, после чего пришел к выводу, что теперь может попробовать поучиться и в Англии, чтобы заодно овладеть еще одним иностранным языком (по-французски и по-немецки дети Великовских свободно говорили с детства, их обучала мать). Так случилось, что он поступил на учебу в Эдинбургский университет в Англии на медицинский факультет.