Однако в 1914 г. быстро вернулся в Россию, так как началась мировая война. Осенью 1914 года Иммануил Великовский был зачислен студентом Вольного университета в Москве, который был основан стараниями некоторых преподавателей Московского университета в знак протеста против дискриминационной политики царского правительства. В течение двух семестров Иммануил слушал здесь курс юриспруденции, истории и экономики. А уже в 1915 году ему удалось поступить на второй курс медицинского факультета Московского университета. При этом учебу в Вольном университете он не оставил, получив таким образом два образования: медицинское и гуманитарное, и после шести лет учебы получил в 1924 г. в Московском университете специальность врача.
Великовскому было легче, чем большинству студентов медицинского факультета. С младенческих лет приученный к систематическому учению, обладая незаурядными способностями и феноменальной памятью, он схватывал и запоминал изучаемый материал быстрее и легче, чем его однокурсники. Благодаря этому у него оставалось время для стихов, публицистической деятельности. И для углубленного изучения Библии.
С тревогой наблюдал он за очень немногочисленными студентами-евреями Московского университета. Оживление политической активности, обусловленное войной, обстановкой в стране, слухами о поражениях на фронте, коррупции и воровстве в тылу, влекло некоторых из них в различные партии, благо в партиях тогда не было недостатка. Наиболее привлекательными для них казались леворадикалы — большевики, меньшевики, эсэры. Этой патологии, как считал Великовский, еще можно было найти объяснение. Но как понять вот такое: Великовский знал еврейского парня, студента юридического факультета, который шумно поддерживал крайне реакционную и откровенно антисемитскую монархическую партию. Несколько студентов-медиков были даже приглашены на грандиозную церемонию его крещения в храме Христа-спасителя.
С удивительной для юноши прозорливостью Великовский улавливал во всем этом тревожные симптомы надвигающегося несчастья. Спору нет, Россия нуждается в социальных переменах. Но это не дело евреев. В черте ли оседлости загнивающей империи, приобретя ли гражданские права, если победит революция, евреи, как и прежде, останутся на русской земле инородным телом. Более того, как и на протяжении всей трагической истории их рассеяния, евреи окажутся в роли этакого «козла отпущения» в любом случае. Если победят реакционеры, евреев легко будет обвинить в том, что они затеяли революцию. Если победит революция, во всех неизбежных экономических и социальных бедах можно будет опять-таки обвинить евреев. Глупый и несчастный народ! Какого черта они ввязываются в чужие, чуждые им дела, вместо того, чтобы заняться своими?
Волновался Иммануил не напрасно. Принцип неучастия в происходящем, которым руководствовались проживающие в России евреи, не понравился новым властям. Если ты активно не борешься с врагами народа, значит, ты сам враг. Простая и действенная логика. В результате такого расклада в феврале 1918 года в Москве арестовали группу сионистов. Шимона Великовского успели предупредить об опасности. Ему пришлось бросить все свое имущество и спешно скрыться. В течение трех недель он прятался, а потом вместе fc женой и младшим сыном выбрался из Москвы. Решено было добираться до Палестины. Логичнее всего Великовским казалось отправиться на юг и пересечь Украину. Они не учли всей серьезности происходящих там событий. Весь юг был охвачен войной, пробиться на запад им так и не удалось. Тогда они решили попытаться направиться на восток и через Кавказ пробраться в Закавказье, а уже оттуда — либо в Турцию, либо в Персию.
Случилось это в начале зимы 1919 года на Дону. Иммануил пошел в станицу в надежде раздобыть хотя бы какую-нибудь еду. Высокий юноша с интеллигентным лицом и волевым подбородком, в котором безошибочно можно было распознать еврея, почему-то показался казакам генерала Шкуро большевистским агитатором. Допрашивавшему Иммануила есаулу попросту лень было выслушивать объяснения какого-то жида. Мало их что ли комиссарит в Красной Армии? Приговор был скорым и безапелляционным: расстрелять!
Казак средних лет повел Иммануила на окраину станицы, к яру, в котором расстреливали пленных. Великовский шел не оглядываясь, время от времени ощущая прикосновение штыка к спине. Жидкая грязь чавкала под ногами. Первые снежинки неуверенно парили в сером свете рано угасающего дня. Какое-то непонятное состояние, какое-то неясное ощущение безмерности отсекло и страх, и даже тревогу о родителях, ничего не знающих о его судьбе. Неизвестно почему и зачем он вдруг начал спокойный рассказ. Он говорил о том, что еще совсем недавно вспомнилось ему на Украине, на пепелище еврейского местечка, куда, в надежде на кров и еду семья Великовских пришла, к счастью, уже после погрома.