В 1991 году принял участие в угоне пассажирского самолета Ту-154 из города Минеральные Воды в Турцию. По прибытии в Турцию преступники сдались, и после переговоров были отправлены в Чечню. Собственно, эта была первая террористическая акция, проведенная группой Басаева Осенью 1991 года одновременно с Джохаром Дудаевым он выставлял свою кандидатуру на пост президента Чечни. После прихода к власти Дудаева им была создана диверсионно-разведывательная группа, базировавшаяся в 12-м городке Грозного. Группа была создана с целью защиты "свободы и интересов ЧРИ и ее президента".
В конце 1991 — начале 1992 гг. Басаев принимал участие в боях в Карабахе на стороне Азербайджана. С апреля по июль 1994 года, по собственному утверждению, был в Афганистане, в провинции Хост, где вместе с одной из своих групп проходил подготовку: "Подготовка проходила за мой счет. Я тогда оружие продал, у друзей в долг взял и поехал. До сих пор, кстати, 3,5 тысяч долларов за эту поездку должен", сказал он в интервью "Независимой газете" 12 марта 1996 года. В интервью газете "Известия" 25 апреля 1996 года Басаев сообщал, что в течение 1992–1994 года трижды выезжал со своим "абхазским батальоном в лагеря афганских моджахедов, где учился тактике ведения партизанской войны".
14 июня 1995 г. Басаев во главе отряда численностью до 200 человек начал проведение террористической акции в Буденновске Ставропольского края с захватом заложников и большими жертвами среди мирного населения. Группировка Басаева пользовалась наибольшим авторитетом среди боевиков, а сам он все больше становился "сплачивающим фактором личности". Возглавляемый им отряд боевиков располагал значительными материальными средствами включая БМП, установки "Град", ПЗРК "Стрела" и "Стингер".
В августе 1999 года вооруженный отряд под руководством полевых командиров Шамиля Басаева и Хаттаба вторгся на территорию Дагестана. Около двух тысяч вооруженных боевиков прошли по горным ущельям и оказались в Ботлихском районе Дагестана. Саму республику боевики объявили "Исламской республикой Дагестан". Федеральная власть ответила активными действиями военных и быстро одержала верх над боевиками.
Спустя несколько недель в Москве произошел взрыв в торговом центре Охотный ряд, затем один за другим были взорваны два жилых дома. Российские власти возложили вину за трагические события на чеченских радикалов. Именно эти после этих событий — вторжения боевиков в Дагестан и взрывы в Москве — началась вторая чеченская война. По оценкам экспертов, под командованием Шамиля Басаева и его союзников находилось более половины как активных, так и потенциальных чеченских боевиков. Басаев как один из наиболее одиозных лидеров чеченских сепаратистов считается заказчиком целого ряда терактов. Например, 5 декабря 2003 года, когда во втором вагоне электрички, курсировавшей между Кисловодском и Минеральными Водами, взорвался смертник. Погибли 47 человек, ранены 233. Заказчиком теракта считается боевик Шамиль Басаев. Следствие считает, что в теракте участвовали неустановленные три женщины и один мужчина, к ногам которого были привязаны гранаты. В результате взрыва вагон разорвало пополам и в нем начался пожар. Мощность взрыва составила до 10 килограммов в тротиловом эквиваленте.
31 августа 2004 года произошел взрыв у метро "Рижская" в Москве. Террористка-смертница взорвала "пояс шахида", в результате взрыва погибли 10 человек, еще 50 получили ранения. Спецслужбы считали, что теракт должен был произойти в метро, но террористка испугалась милиционеров, проверявших перед входом документы. Первоначально ответственность за теракт у метро взяла на себя подразделение "Аль-Каиды" египетская группировка "Бригады Исламбули", однако потом в авторстве этого теракта признался Шамиль Басаев. Он заявил, что теракт у "Рижской" осуществили бойцы из подразделения "Риядус-Салихийн".
После терракта, совершенного 1 сентября 2004 года в бесланской школе, Шамиль Басаев дал несколько интервью различным масс-медиа, где взял на себя ответственность за организацию операции, приведшей к гибели более 330 человек, половина из которых — дети. В 2005-ом террористы под руководством Басаева совершают нападение на Нальчик, столицу Кабардино-Балкарии.
Премьер Чечни Рамзан Кадырова объявил Басаева кровником после того, как тот признался в причастности к покушению на бывшего президента Чечни Ахмата Кадырова. "Мы благодарны тем, кто уничтожил Басаева, но он мой кровник, и я обещал его уничтожить. Сожалею, что это сделал не я", — заявил Рамзан Кадыров. Председатель правительства Чечни называет ликвидацию одного из главарей боевиков Шамиля Басаева безусловным успехом правоохранительных структур России.