Пока Чан Кайши был занят военными действиями, в партии активизировались его противники. 1 апреля 1927 г. правительство даже лишило Чан Кайши поста главнокомандующего, на что получило ответ: «Я взял обязательство довести Северный поход до успешного конца. Это обязательство я выполню». Чан понимал, что не должен выпускать из своих рук главный оплот власти – армию. С ее помощью он создал в Нанкине новое правительство, о чем было объявлено уже 18 апреля. Генерал заявил о полной поддержке курса Сунь Ятсена (Чан Кайши претендовал на роль главного наследника отца гоминьдана), призвал к разрыву с коммунистической партией. Однако положение этого правительства оказалось непрочным. В августе Нанкин был окружен войсками милитариста Сунь Чуаньфана и глава правительства вынужден был уйти в отставку. В сопровождении 200 охранников он скрылся в гористом районе провинции Чжэцзян.
В этой ситуации лидер гоминьдана решил добиваться поддержки у США. Для этого он собрался жениться на Сун Мэйлин, девушке из влиятельной семьи – свояченице Сунь Ятсена. Она получила образование в Штатах и была очень красива, а главное, обладала широкими связями в Шанхае и за рубежом. С такой женой Чан мог надеяться на дальнейшее политическое продвижение. Родители невесты были не в восторге от жениха. О его распутной жизни ходили разные слухи. С первой женой он расстался почти сразу после рождения сына. Вторая жена, Чэнь Цзюий, до брака занималась проституцией. Но это препятствие вскоре было устранено. Чэнь уехала в США и получила развод. Пришлось согласиться и на смену вероисповедания – семья невесты была христианской. Несмотря на протесты вдовы Сунь Ятсена, Сун Цинлин, 1 декабря 1927 г. состоялась свадьба, причем дважды: по христианскому и конфуцианскому обрядам. Этот брак оказался удачным и действительно укрепил внешнеполитические акции Чан Кайши. В январе 1928 г. он вернулся к власти, а США и ряд других государств пошли на некоторые уступки Нанкинскому правительству.
Чан Кайши быстро сумел обеспечить финансовую базу своему правительству с помощью шанхайских толстосумов и мафии. Главной его заботой была армия. Уже к концу 1928 г. он сумел довести ее численность до 2 млн человек и сделать ее самой большой в мире. Теперь лидера гоминьдана стали официально именовать генералиссимусом. Его поход на Пекин завершился взятием города. Формально весь Китай теперь находился под властью гоминьдана. Но ряд районов контролировали коммунисты и милитаристы. Пять военных кампаний генералиссимуса по подавлению сопротивления власти были направлены прежде всего против коммунистов, в которых Чан Кайши справедливо видел главную опасность для своего режима. Вскоре советские представители были схвачены. Их водили по улицам под конвоем, а потом казнили. Были предприняты карательные экспедиции против района Цзянси, где высшими органами власти являлись советы.
Междоусобицы, терзавшие Китай, не остались без внимания со стороны агрессивного соседа – Японии. Утром 19 сентября 1931 г. японцы начали военные действия в районе Мукдена. Возмущенное китайское население протестовало. В ответ 23 января 1932 г. японские боевые корабли атаковали Шанхай, что только усилило гнев китайцев. Японофил Чан Кайши не разделял этих настроений и пытался ограничить антияпонские выступления. Он запретил студенческие демонстрации и подписал унизительное для китайской стороны перемирие, чем вызвал еще большее возмущение со стороны значительной части соотечественников.
В то же время 5 апреля 1932 г. советские районы Китая объявили войну Японии. Это существенно подняло авторитет КПК в стране. Чтобы справиться с соперником, Чан Кайши свой пятый поход организовал против советских районов Китая. Его субсидировали немцы, англичане, американцы и французы. На американских заводах для Нанкинского правительства было построено 850 самолетов. В результате к октябрю 1933 г. под командованием генералиссимуса числилось 90 дивизий, в которых находилось более 150 американских и канадских летчиков. Немецкие специалисты помогали в разработке плана операции. Однако она была сорвана восстанием в Фуцзяни. Часть армии пришлось направить на его подавление. Провинция была захвачена. Территория советских районов тоже значительно сократилась, но коммунисты разбиты не были.