В 1787 г. разразилась новая русско-турецкая война. Корпус Кутузова входил в состав Екатеринославской армии Г. А. Потемкина. В 1788 г. его перебросили под Кинбурн, где действовали войска А. В. Суворова. Со своими егерями генерал участвовал в штурме Очакова и получил вторую рану – в то же место, что и при первом ранении. Врачи не надеялись на то, что полководец выживет. Но он одолел смерть, хотя и ослеп на правый глаз. Вскоре после выздоровления Кутузов уже командовал войсками, расположенными между Бугом и Днестром. Здесь он участвовал в бою под Каушанами, в штурме Аккермана и Бендер. В заключительный период войны Кутузов стал одним из виднейших военачальников русской армии. Способности полководца особенно проявились во время взятия крепости Измаил. Он участвовал в разработке плана штурма, в подготовке войск и их материально-техническом обеспечении, командовал шестой колонной при самом взятии города. Эта победа во многом определила исход всей войны. Кутузов был произведен в генерал-поручики, получил орден Георгия 3-й степени и был назначен комендантом Измаила. Теперь ему подчинялись войска, расположенные между Днестром и Прутом.
14 июня 1791 г. армия под командованием Кутузова разгромила турок у Бабадача, а 9 июля – у Мачина. Турция признала себя побежденной и подписала Ясский мирный договор.
В 1792 г. Кутузов, командуя корпусом, участвовал в походе в Польшу, а затем по указу Екатерины II был направлен чрезвычайным и полномочным послом в Турцию. По возвращении оттуда в 1794 г. он был назначен главным директором сухопутного кадетского корпуса, но в 1797 г. Павел I направил его с дипломатической миссией в Берлин, а затем приказал генералу от инфантерии Кутузову сформировать одну из двух армий на западной границе. В июне 1801 г. новый император Александр I назначил его военным губернатором Петербурга. Одновременно Кутузов работал в Воинской комиссии по улучшению организационной структуры армии. Но затем неожиданно на него обрушился гнев царя. В сентябре 1801 г. Кутузова сняли с должности генерал-губернатора и отправили в отставку по явно надуманной причине – из-за болезни. На самом деле царь догадывался, что генерал осведомлен об истинной причине смерти Павла I и о причастности к заговору Александра. Осенью 1802 г. Кутузов без жены и детей отправился в деревню Горошки, где жил больше трех лет. Это было, по сути, изгнание.
Но вскоре стало неспокойно в Европе. Стремление Наполеона к мировому господству привело к целой полосе войн. Сложилась антифранцузская коалиция в составе Англии, России, Австрии, Швеции и Неаполитанского королевства. Основная тяжесть борьбы ложилась на Австрию и Россию. Русская армия была направлена в Австрию как вспомогательная. Командование ею Александр I вынужден был поручить опальному генералу, поскольку при дворе не нашел никого, кто смог бы исполнить такое ответственное дело.
Кутузов стал первым русским полководцем, который возглавил армию, боровшуюся с Наполеоном. Но он очутился в тройном подчинении: русского и австрийского императоров и австрийского главнокомандующего. Русская армия только входила в Австрию, когда стало известно, что Наполеон разбил австрийцев. Соединяться уже было не с кем, резервов не существовало, и только теперь Кутузову разрешили действовать самостоятельно. Опасаясь окружения, ведя арьергардные бои, русская армия отходила. Для ее спасения возле деревни Шенграбен Кутузов оставил заслон – 5-тысячный корпус под командованием Багратиона. Выдержав удар 30-тысячной французской армии, отряд выстоял и позволил своим войскам выйти из окружения. А из России в это время уже шли свежие силы. Русский и австрийский императоры настаивали на немедленном наступлении, но Кутузов был против. В ноябре 1805 г. в сражении под Аустерлицем, где в основном распоряжался Александр I, русско-австрийские войска потерпели поражение. Однако всю вину за это возложили на Кутузова. Его отстранили от командования и назначили военным губернатором в Киев.
Тем временем в 1806 г. войну против России начала Турция. За годы войны сменилось несколько командующих, но серьезных результатов не было. В 1811 г. царю снова пришлось предоставить командование Кутузову. Уже в июне 1811 г. ему удалось под крепостью Рущук разбить турок, несмотря на их четырехкратное численное превосходство, а в октябре там же окончательно их разгромить. После этого Кутузов в Бухаресте заключил выгодный мир – в случае нападения на Россию Наполеона Турция не смогла бы выступить на его стороне.
12 июня 1812 г. Наполеон начал войну с Россией. 24 июля на Кутузова возложили обязанность готовить Петербург к обороне, и одновременно он был избран начальником Петербургского ополчения. Но угнетающее отступление русской армии, отсутствие главнокомандующего, распри между командующими 1-й и 2-й армиями Барклаем-де-Толли и Багратионом по поводу того, кто должен руководить войсками, обвинения Барклая в измене – все это привело к тому, что Александр I, уступая желанию дворянства и купечества, опять-таки вынужденно назначил Кутузова главнокомандующим.