Монгольское нашествие Федотов оценивает исключительно с церковно-религиозной точки зрения. Он подчеркивает, что летописцы рассматривали его как справедливое земное «наказание за грехи». Немота летописцев середины XIII века, из года в год констатировавших «ничего же бысть», красноречиво свидетельствует, до какой степени отчаяния и подавленности нужно было дойти, чтобы записать такую формулировку. Кажется, эти лаконичные сообщения доносят до нашего времени главный итог нашествия и ига — если не слом психики, то ее тяжелое поражение. Пожалуй, никто из историков так точно и с такой болью не ставил диагноза своему народу. И он развивает свою мысль: ощущение безнадежности положения страны, еще не обретшей своего собственного лица, способствовало надлому национальной психики — одному из главных результатов нашествия и ига. Это очень важная мысль Георгия Федотова. Результат ига, о котором в советское время не только писать, но и говорить и даже думать не полагалось, ибо аксиомой считалось учение о первичности базиса и вторичности надстройки — идеологии и культуры. В этой последней сфере произошли изменения, почти необратимые. Гибель элиты или ее перерождение и превращение в покорных слуг иноземной власти сопровождалось варваризацией рядового, в первую очередь зависимого рабского и крестьянского населения. Самые слабые духом, еще не окрепшие в христианстве и разочаровавшиеся в религии, оказавшейся бессильной отвести угрозу порабощения, вернулись к язычеству, пышным цветом распустившемуся на юго-западе и возродившему такие архаические обряды, как человеческие жертвоприношения. Не исключено, что особая крепость язычества на Руси, которую Федотов отмечал применительно к XIX веку, своим происхождением обязана отчасти внешнему вмешательству. И это опять-таки прорыв Федотова в понимании сложных социальных явлений.
Сознание собственной неполноценности, возникшее в период ига и сохраняющееся в русских людях вплоть до XXI века, создавало особый национальный менталитет, основанный на чувстве ущемленного самолюбия. А «национальное самолюбие значит порою больше национальных интересов», — делает Федотов на редкость точный и прозорливый вывод. Это в полной мере обнаружилось в XVI столетии, да и в XXI веке тоже.
Новый подъем религиозности Г.П. Федотов связывает с Сергием Радонежским, деятельности которого присуща «совершенная мерность, гармония деятельной и созерцательной жизни». Задолго до историков и искусствоведов — советских и советского времени — Г.П. Федотов установил связь Сергия Радонежского с исихазмом и учением Григория Синаита о фаворском свете и божественных энергиях. Влияние византийского искусства палеологовского времени на творчество величайшего русского художника Андрея Рублева ныне убедительно доказано.
В начале XVI века Г.П. Федотов обнаруживает первые признаки духовного кризиса общества. Вместо «умной молитвы» Нила Сорского утверждается формальное «келейное правило» Иосифа Волоцкого.
В 1926 году в статье «Трагедия интеллигенции» Федотов заявлял, что «культура Северной Руси к началу XVI века находилась в зените», а затем происходит «декаданс художественного мастерства». Вину за это он возлагал на церковь, «один из самых национальных организмов в христианстве». Самая формулировка религиозно-национальной идеи, чуждая древней и греческой (то есть византийской) церкви», данная «бедным старцем Филофеем, который... отравил русское религиозное сознание хмелем национальной гордыни», легла «тяжким бременем на русскую церковь. в Москве XVI — XVII столетий, приведя к отрыву от вселенской церкви», с одной стороны, и к «окостенению всего стиля жизни» — с другой. Процесс «окостенения» характерен для всей эпохи Грозного.
Однако первый период его правления, когда, «готовясь к победоносному завоеванию Казани накануне небывалого расширения русской мощи на Востоке, царь Иван Васильевич в союзе с Избранной радой, руководимой Сильвестром и Адашевым, лихорадочно проводил земские реформы», был «проникнут высоким моральным пафосом покаяния».
Не проходит вдумчивый историк и мимо иных сил, действовавших в России Грозного. Он подчеркивает «огромный вклад в русскую культуру, который внес купеческий дух», в том числе и в «военно-служивой» Москве, которая, «сломив Новгород, задушив городскую жизнь Севера», сама вплоть до XVII века «сохраняет еще купеческий размах и предприимчивость».