В 1881 году по распоряжению военного министра П. С. Ванновского женские медицинские курсы, которые изначально относились к военному ведомству, были закрыты. Но женщины снова начали борьбу за свои права. Их поддержали профессора, бывшие преподаватели курсов. Вновь начались агитация, сбор средств на возобновление женского медицинского образования. На это благое дело пожертвовал 50 тысяч рублей известный сибирский золотопромышленник и меценат И. М. Сибиряков. 20 тысяч завещал терапевт С. П. Боткин. Перечисляли свои гонорары за чтение лекций гигиенист А. П. Доброславин, патофизиолог В. В. Пашутин, терапевт В. М. Тарновский, микробиолог И. И. Мечников. Небольшие суммы вносили студенты и петербургские обыватели. Конечно же, золотопромышленники супруги Шанявские тоже не смогли остаться в стороне. Они пожертвовали 300 тысяч своих и еще 200 тысяч рублей по завещанию своего бывшего компаньона П. В. Берга [94, 76].
Впрочем, далеко не все можно было решить с помощью денег. Преодолевая сопротивление чиновников, приходилось идти на самые разные хитрости. М. В. Сабашников в своих «Записках» рассказывает о том, как Л. А. Шанявская добилась от члена Государственного Совета К. П. Победоносцева обещания не являться на заседание, на котором должна была решаться участь Женского медицинского института.
Так в 1897 году, через 16 лет после закрытия Высших женских врачебных курсов, в Санкт-Петербурге открылся Женский медицинский институт, первое в России высшее учебное заведение такого рода. Позже в числе очень немногих, удостоенных этого звания, Лидия Алексеевна Шанявская станет его Почетным членом.
Институту тем не менее было отказано в государственной субсидии. Чиновниками были введены и другие ограничения: профессора получали низшие оклады и назывались «частными преподавателями», выпускницам давалось право работать только в женских отделениях лечебных учреждений. При этом плата за обучение была достаточно высока – 100 рублей в год. Однако профессорско-преподавательский состав института был представлен лучшими специалистами отечественной медицины, и конкурс в институт был настолько высок, что с первого раза не могли поступить даже многие из тех, кто окончил гимназию с золотой медалью.
В 1902 году состоялся первый выпуск. В 1904 году институт поступил в ведение Министерства просвещения, и его слушательницы уравнялись в правах со студентами медицинских факультетов университетов.
Таким образом, знаменитый Народный университет не был первенцем у супругов Шанявских. И не меньших трудов стоило его рождение, правда преодолевать эти муки пришлось преимущественно Лидии Алексеевне. Альфонс Леонович умер вечером того же дня, когда нотариус заверил дарственную, по которой его домовладение на Арбате становилось собственностью московской городской Думы.
Но незадолго до своей смерти Шанявский составил завещание, по которому всё остальное имущество хотя и переходило в пожизненное пользование вдовы, но после её смерти должно было также стать собственностью университета. Причём это могло произойти, согласно завещанию, лишь в том случае, если университет откроется в течение трёх лет после его заявления, т. е. до 3 октября 1908 г. [62].
Условие это было поставлено не случайно: Шанявский предвидел, сколько надлежит преодолеть преград, прежде чем университет откроется. Ведь по замыслу Шанявских будущий вуз должен быть доступен всем, вне зависимости от принадлежности к тому или иному сословию. И чтобы в нём могли обучаться не только мужчины, но и женщины. И то, и другое очень многим высокопоставленным чиновникам, от которых зависело, быть или не быть Народному университету, казалось неприемлемым. Достаточно сказать, что в числе противников университета были тогдашний министр внутренних дел П. Н. Дурново и министр народного просвещения А. Н. Шварц.
Сколько разного рода петиций пришлось написать Лидии Алексеевне, сколько пришлось обойти кабинетов! Лишь когда 26 июня 1908 года на положении об университете появилось начертанное рукой императора «Быть посему», стало ясно: победа. Но даже и после этого торжественное открытие университета состоялось только 1 октября 1908 года, а 2 октября, за день до крайнего, обозначенного А. Л. Шанявским в завещении срока, А. Ф. Фортунатов прочитал первую лекцию [62].