В материалах следствия по делу Баллода есть справка, датированная 27 сентября 1858 года. Из неё следует, что в 1856 году Баллод принят в академию по медицинской части, без стипендии, «своекоштным» студентом. В 1857 году его оставили на первом курсе, а в 1858 году исключили из академии. В справке сказано, что Пётр Баллод два года обучался на одном курсе и экзаменов не выдержал.
Однако Пётр и не думал всё бросить и уехать домой. Он взялся (совместно с однокашником А. С. Фаминцыным) за огромный труд – стал переводить трёхтомное руководство по анатомии человека, составленное профессором Венского университета Иосифом Гиртлем, самый популярный в Европе учебник анатомии. Тысяча большеформатных страниц с очень специфическим немецким текстом, изобилующим латинскими терминами! Никаких специальных знаний, кроме знания языка, у Баллода не было.
Уже после ареста Баллода Фаминцин сумел издать книгу Гиртля, и в течение 15 лет это был основной учебник анатомии для студентом-медиков. Одного этого достаточно, чтобы имя Петра Баллода осталось в истории российской науки. Но Баллод учёным не стал, хотя учёбу не бросил.
В 1857 году был разрешён приём в Петербургский университет получивших домашнее образование и лиц низшего сословия (одна из реформ после Крымской войны). Баллод воспользовался этим, и в 1858 году поступил на естественное отделение физико-математического факультета Петербургского университета.
Сохранилась переписка с попечителем университета об освобождении Петра Баллода как сына священника от платы за обучение. 5 ноября 1858 года попечитель дал положительный ответ – с учётом крайне бедственного положения просителя. При поступлении в университет Баллод сдавал экзамен по физике. Особым прилежанием студент Баллод и здесь не отличался. Поначалу он всё время уделял переводам, позже – подпольной работе. За участие в студенческих беспорядках 5 декабря 1861 года Баллода исключили с третьего курса. Сам университет был закрыт. Последний документ в «личном деле Петра Баллода» – его заявление от 31 марта 1862 года: бывший студент II курса естественного отделения просит допустить его к переводным экзаменам на III курс. Каким-то чиновником сделана отметка на заявлении: «Экзамена не сдавал».
После Крымской войны свободомыслие пустило в России глубокие корни, царский «Манифест» не мог удовлетворить все слои общества. В Петербурге взбунтовались студенты, офицеры, интеллигенция. И Пётр Баллод оказался в самом центре столичных беспорядков. Он оборудовал подпольную печатню, назвав её «Карманной типографией». В марте 1862 года нелегальная «Карманная типография» Баллода начала действовать, выпуская прокламации.
В том же году в ответ на наделавшую много шума антигерценовскую брошюру, подписанную псевдонимом Шедо-Ферроти, Дмитрий Писарев написал статью с резкой критикой этой брошюры, рассчитывая опубликовать её в «Русском слове». Но в публикации ему было отказано, цензура сочла невозможным опубликовать рецензию Писарева.
Баллод предложил сделать это в его типографии. Писарев не сразу согласился на это предложение, но в конечном итоге его рецензия, переписанная заново, в ещё более резком тоне критикующая самодержавие, всё же была напечатана. «Династия Романовых и петербургская бюрократия должны погибнуть… – говорится в заключении статьи. – То, что мертво и гнило, должно само собою свалиться в могилу. Нам останется только дать им последний толчок и забросать грязью их смердящие трупы».
Но тем не менее статья Писарева не дошла до своего читателя: 18 июня 1862 года по доносу Баллод был арестован и доставлен в Петропавловскую крепость, а тираж – изъят. Через пять дней был арестован и Писарев.
Сенатская следственная комиссия по делу Баллода полагала, что студент Баллод не был одинок в своём бунтарстве, для приобретения и содержания типографии нужны были деньги. Однако не смогла добиться от Баллода никаких имён.
«Комиссиею отобраны ответы от содержащегося в крепости бывшего студента С.Петербургского университета Петра Баллода на данные ему 25 вопросов. По рассмотрении ответов оказалось, что Баллод, сознаваясь в своих преступлениях, стремится, однако, к закрытию сообщников» [35].
11 ноября 1864 года «С.-Петербургские ведомости» сообщили о приговоре и резолюции царя: «Быть посему, но с тем, чтобы Баллоду срок каторжной работы ограничить 7-ю годами».
А 20 ноября 1864 года в Петербурге государственный преступник Петр Давыдович Баллод был подвергнут гражданской казни у позорного столба, а затем на семь лет отправлен в сибирскую каторгу. При этом ему, лишённому всех прав, запрещалось и возвращение после отбытия каторги в Санкт-Петербург и Москву… Как политического преступника его препроводили в Сибирь «с почётом» – не пешком, по этапу, а в санях, запряженных лошадьми.
Все прелести каторги, которую он отбывал в Забайкалье, Пётр Баллод испытал сполна. На Александровском заводе он познакомился с Н. Г. Чернышевским.