Однако, уже 8 мая 1963 года во Вьетнаме начался буддистский кризис, вызванный запретом правительства в День Рождения Будды сделать исключения из ранее принятого закона о запрете демонстрации религиозной символики в общественных местах. Прихожане стали выражать недовольство, а армия ответила им огнем, ошибочно приняв их выступления за атаки оппозиционных правительству вьетконговцев, для борьбы с которыми на территории страны и находился ограниченный контингент американских войск. Началась полномасштабная гражданская война, в ходе которой Зьем не мог отстоять ни одну сторону – снимая католиков с должностей высшей государственной власти и назначая на них по ошибке обиженных буддистов, он вызывал недовольство первых. Притесняя последних – их ярость и неприятие. Видя все это, Кеннеди понимает, что втягивать свою армию в войну на другом континенте – дело неблагодарное, и решает отозвать войска. Перевес сил оказывается на стороне просоветски настроенного «Вьетконга».
Далее. Еще одной причиной недовольства Кеннеди со стороны его силовой верхушки стала его мирная политика по отношению к президенту Индонезии Сукарно, возглавлявшему движение неприсоединения, но склонявшемуся больше в сторону СССР. Сукарно пользовался в Вашингтоне дурной славой из-за своей антиамериканской риторики и воинствующего национализма третьего мира. Хотя Сукарно утверждал, что придерживается нейтралитета в холодной войне, американские аналитики считали его симпатизирующим Советскому Союзу. По крайней мере, он принимал военную помощь от Советов.