Люшков был самым высокопоставленным выдвиженцем Ягоды, который долгое время сохранял позиции после его опалы. Более того, новый всесильный нарком НКВД Ежов всячески защищал его имя от компромата. Ягода был приговорён к расстрелу на III Московском процессе, и в 1937–1938 годах подследственные чекисты часто называли вместе с фамилией бывшего наркома фамилию Люшкова. О его принадлежности к контрреволюционной организации сообщал, в частности, бывший глава НКВД ЗСФСР Д.И. Лордкипанидзе, однако Ежов не стал доводить сведения до Сталина, а потребовал от Фриновского допросить Ягоду и доказать непричастность Люшкова. Показания заместителя Ягоды Г.Е. Прокофьева были исправлены с исключением фрагмента о Люшкове. Фриновский выразил сомнение в необходимости оберегать Люшкова, однако Ежов переубедил своего заместителя.
Уже после направления Люшкова на Дальний Восток поступил компромат на него от А.Г. Миронова (бывшего начальника Контрразведывательного отдела ГУГБ НКВД СССР) и Н.М. Быстрых (брата заместителя начальника Главного управления рабоче-крестьянской милиции). Первого Ежов передопросил и заставил отказаться от прежних показаний, второй был «квалифицирован» в уголовники, что позволило отдать его дело милицейской «тройке» и убрать политическую составляющую.
Узнав о бегстве Люшкова, Ежов плакал и говорил: «Теперь я пропал». Из письма Ежова к Сталину:
«Я буквально сходил с ума. Вызвал Фриновского и предложил вместе поехать докладывать Вам. Тогда же Фриновскому я сказал: «Ну, теперь нас крепко накажут». Это был настолько очевидный и большой провал разведки, что за такие дела, естественно, по головке не гладят».