15 октября 1967 года по кубинскому радио и телевидению выступил Фидель Кастро. Он подтвердил факт гибели Че Гевары и объявил тридцатидневный траур на Кубе, а 9 октября провозгласил Днём героического партизана. Летом 1968 года Фидель сделал сенсационное заявление: кисти рук, посмертная маска Че и его «Боливийский дневник» похищены «неким доброжелателем». В том же году дневник оказался на Кубе. Руки Че Гевары оказались на Кубе в январе 1970 года. Впоследствии Фидель назвал имя «загадочного доброжелателя»: им оказался боливийский министр внутренних дел Антонио Аргедес. Он был агентом ЦРУ, симпатизировавшим кубинской революции и считавшим своим долгом «не позволить империализму Соединенных Штатов подделать или извратить дневник Че Гевары».
В 1997 году из-под взлётно-посадочной полосы около Вальегранде были эксгумированы останки тела с ампутированными руками. Тело было идентифицировано как принадлежащее Че Геваре и возвращено на Кубу. 16 октября 1997 года, спустя 30 лет после его смерти, останки Че Гевары и шестерых его товарищей были перезахоронены в городе Санта-Клара на Кубе.
А еще через 17 лет, в ноябре 2014 года, мир облетела неожиданная новость: обнаружились одиннадцать ранее неизвестных черно-белых фотографий тела Че Гевары. Их нашел в своем семейном архиве Иманол Артеага, племянник испанского католического миссионера Луиса Куартеро, присутствовавшего при казни революционера. Артеага и его тётя, жена Куартеро, обнаружили снимки, разбирая архив после смерти Куартеро в 2012 году. На них Че лежит со спутанными волосами и в куртке, наспех застегнутой на груди. Кроме того, на других фотографиях из архива Куартеро запечатлена как предполагается мертвая соратница Че Гевары «Таня» – или «Мимолётная звезда», как ее называли партизаны. Её тело также лежит на носилках, но лицо невозможно опознать, поскольку оно изуродовано.
Как писал журнал Spiegel, сегодня Ла-Игеру посещают туристы со всего мира. Один француз открыл общежитие в помещении телеграфа, где партизаны сделали последнюю попытку установить контакт с внешним миром. Рядом кубинские врачи бесплатно лечат нуждающихся сельскохозяйственных рабочих. Изображения Эрнесто Че Гевары висят в хижинах сельских жителей, и многие люди молятся «Santo Ernesto» (святому Эрнесто), который, как считается, совершает чудеса.
Смерть Че Гевары негативно сказалась на судьбе континентальной герильи, хотя и не похоронила ее. Авторитет левых сил в Латинской Америке продолжал неуклонно расти. На президентских выборах 1970 года в Чили победила коалиция левых сил «Народное единство» во главе с Сальвадором Альенде. Это создавало опасный с точки зрения американских интересов прецедент в центре Латинской Америки и могло подтолкнуть на тот же путь Аргентину, Перу, Боливию, где к тому времени отмечалось усиление антиамериканских настроений.
Согласно рассекреченным в ноябре 2000 года документам, ЦРУ сразу же приступило к подготовке переворота в Чили. «Эти операции следует проводить тайно и скрытно, так, чтобы рука американского правительства осталась незамеченной», – говорится в одном из рассекреченных документов, датированном октябрем 1970 года. «Используйте самых надежных офицеров. Облеты Сантьяго на низкой высоте произведут должный эффект, также, как и бомбардировки незаселенных районов. Они могут перевесить чашу весов в нашу пользу, как это часто бывало в прошлом в подобных обстоятельствах», – говорится в другом. Тексты этих документов опубликованы в сборнике «Дело Пиночета» (The Pinochet File), вышедшем в США в 2003 году под редакцией Питера Корнблу.
Уже в ходе президентских выборов 1970 года агентами ЦРУ был убит главнокомандующий Чилийской армией генерал Рене Шнайдер, который гасил попытки мятежа со стороны военных, традиционно придерживавшихся правых взглядов. Подробности участия сотрудников ЦРУ в этом преступлении стали предметом особого расследования Комиссии Чёрча, опубликованного в 1975 году. 22 октября 1970 года автомобиль Рене Шнайдера был заблокирован в Сантьяго на пересечение улиц Америго Веспуччи и Мартин-де Саморы четырьмя автомобилями. Во время ожесточенной перестрелки Шнайдер получил смертельное ранение. 25 октября, на следующий день после инаугурации Сальвадора Альенде, генерал Рене Шнайдер скончался. В настоящее время его семья судится с правительством США и Генри Киссенджером, требуя выплаты компенсации.