Далеко не все получалось сразу, и космонавтам приходилось наверстывать упущенное в личное время, часто за счет часов сна. Понятно, что накапливалась усталость, росло нервное напряжение. Однажды произошла нештатная ситуация, которая многое изменила в программе полета. Борис Волынов вспоминал: "Когда мы находились в тени Земли, неожиданно взвыла сирена, погас свет — и мы оказались в кромешной темноте. Выключилось все, вплоть до регенерационной установки. А это значит, что кислород не вырабатывается и можно рассчитывать лишь на тот, что находится в объеме станции. Полная темнота, ничего не понимаем — где верх, где низ, и только воет сирена. В таких стрессовых условиях требовалось действовать расчетливо, четко, не поддаваясь панике. Мы нащупали пульты <…>, выключили сирену и впервые восприняли тишину космоса. Было такое впечатление, что находишься в мертвом городе. <…> Это ощущение не для слабонервных. Наверное, так чувствуется бездна. Мы зашифрованно передали на Землю, что на борту авария. Но двусторонней связи не было, и Земля ничем не могла помочь, а нам надо было выяснить самим, насколько серьезна ситуация. Возможно, это разгерметизация! К счастью, этого не произошло. Самым трудным было оживить станцию, включить жизненно важные системы. <…> В конце концов работоспособность станции была восстановлена полностью, но в результате стресса через несколько дней у Виталия начались сильные головные боли, не снимаемые никаким лекарством. Затем у него появились проблемы со сном. Он перестал заниматься на бегущей дорожке, все меньше работал, чаще плавал по станции в расслабленном состоянии. <…> Мне приходилось одному выполнять обязанности двоих. <…> Мы не сразу сообщили на Землю о сложившейся ситуации, а попытались сами исправить положение. Я думал, что с помощью имеющихся средств смогу восстановить работоспособность Виталия. Мы использовали все, что было в бортовой аптечке, но ничего не помогало. <…> Я предложил Виталию сообщить о своем состоянии по закрытому каналу, ведь лучше его самого никто не мог объяснить, что с ним происходит. Он доложил".
К сожалению, меры, предпринятые по совету медиков, желаемого облегчения не дали: состояние здоровья Виталия Жолобова ухудшалось. Двадцать третьего августа после переговоров Бориса Волынова с одним из руководителей программы Германом Титовым было принято решение о досрочном прекращении полета. На следующий день Волынов "упаковал" Жолобова в скафандр, пристегнул его к ложементу в спускаемом аппарате, потом оделся сам и занял место командира. Расстыковаться получилось только со второй попытки — из-за временного сдвига экипаж "Союза-21" приземлился в запасном районе, в темное время суток, что затруднило его поиски. Сама посадка получилась далеко не мягкой. Под порывами ветра спускаемый аппарат раскачался на стропах парашюта и в момент срабатывания двигателей мягкой посадки находился под углом к поверхности в семи метрах в стороне, поэтому упал ребром, подпрыгнул, пролетел еще три метра, ударился о землю, отскочил и опять упал. Виталий Жолобов описывал эту посадку так: "Ощущение было такое, словно мы со всего размаху хлопнулись задом на твердый грунт. У командира лопнул шнур от шлемофона, а от бортового журнала, который я держал, в руках осталось лишь несколько страниц".
Остановившись, спускаемый аппарат завалился набок. Борис Волынов открыл люк и вылез наружу на четвереньках. Позднее он вспоминал: "Первое, что ощутил после приземления, запах земли и хлеба. Запах, который не чувствовал давно. Какое же это счастье — жить!" Космонавту казалось, что он в хорошей физической форме: он выпрямился, встал, но тут же рухнул навзничь — не держали ноги. В этот момент послышался голос бортинженера, который просил помочь ему. Виталий Жолобов не мог выползти, зацепившись скафандром за металлическую часть корабля. Борис Волынов вернулся в аппарат и потянул товарища наружу: первая попытка вызвала короткое замыкание со снопом искр, вторая оказалась более удачной.
Так 24 августа 1976 года завершилась первая экспедиция на "Алмаз-3". Космонавты возвратились на Землю, не долетав 11 суток до конца 60-суточного срока. Медицинская комиссия тщательно обследовала космонавтов и пришла к заключению, что наблюдавшийся в полете синдром стал результатом психологической перегрузки, нарушения режима тренировок и недостаточной поддержки с Земли. И еще одно — космонавты, знавшие Бориса Волынова по деятельности в отряде, отмечали его педантичность, бескомпромиссность, суровый нрав и высокую требовательность к окружающим. Можно предположить, что эти качества, одобряемые на Земле, в условиях замкнутого пространства создали сложный психологический климат, который стал невыносимым для Виталия Жолобова.