Все эти продвижения Войтылы по церковной иерархии происходили на фоне непрекращающегося противостояния католической церкви и коммунистических властей Польши. Будучи не в силах запретить религию в глубоко католической стране, власти пытались любым способом отпугнуть людей от церкви, дискредитировали священников в глазах общества. Попал под огонь критики со стороны властей и Войтыла. Накануне Второго Ватиканского собора Войтыла вместе с другими польскими церковными иерархами направил письмо в адрес немецких католиков, озаглавленное «Мы прощаем и просим прощения». Фактически это был призыв к миру между польским и немецким народами, призыв к миру после закончившейся уже два десятка лет назад войны. Коммунистические польские власти организовали массированную кампанию против авторов письма. В частности, в газетах появилась заметка, якобы написанная рабочими Кракова и адресованная в том числе Каролю Войтыле. Она называлась «Не забудем и не простим». Помимо перечислений потерь польского народа в годы войны, включая и тысячи погибших с ведома немецких священников, там говорилось, что рабочие разочарованы предательством польского народа со стороны высших иерархов церкви. Естественно, появление такого текста было невозможно без вмешательства польских спецслужб, тем более что первоначальное письмо польских епископов, послужившее поводом для столь гневной реакции, в Польше вообще не было опубликовано и рабочие не могли о нем узнать. Свои убеждения Войтыла отстаивал в неоднократных обращениях к верующим, из которых следовало, что он придерживается прежних позиций, считая, что примирение необходимо, и не собирается идти на компромисс. Власти почувствовали, что им не удастся запугать успевшего уже стать авторитетным священнослужителя, и ослабили свое давление на него.
В 1966 году Польша отмечала тысячелетие принятия христианства. Власти как могли мешали организации торжеств, запретили приезд в страну папы Павла VI, не позволяли выставлять иконы в публичных местах. Тем не менее празднование прошло на должном уровне, а торжественную мессу у главной святыни польской католической церкви в Ченстохове было поручено отслужить Каролю Войтыле.
В эти годы имя молодого (по церковным меркам) архиепископа Войтылы стало известно и за пределами Польши. Он был вице-президентом Польской епископской конференции, членом постоянного секретариата Синода епископов Римско-католической церкви, участвовал в работе исторического Второго Ватиканского собора (1962–1965 годы), на котором произошло столкновение двух противоположных точек зрения на развитие католической церкви — консервативной и либеральной. По некоторым вопросам Войтыла занимал позиции, близкие либералам, по некоторым же был убежденным консерватором. В целом собор прошел под знаком перевеса либеральных настроений в католической церкви, и принятые им решения были направлены на улучшение имиджа церкви и ее приближение к нуждам быстро меняющегося общества.
18 февраля 1968 года Ватикан назначил Кароля Войтылу приходским священником церкви Святого Цезаря в Риме. Для того времени это было небывалым успехом для священника его ранга, тем более для кардинала-неитальянца. Значимость Войтылы постепенно росла, он стал оказывать довольно большое влияние на внутреннюю жизнь Ватикана, выполняя обязанности ответственного за связи Ватикана с общественностью. Так, 5 января 1969 года по заказу «Оссерваторе Романа» он написал статью «Истина энциклики Humanae Vitae», а уже к декабрю того же года, всячески способствуя развитию Польского теологического общества, помогает ему издать теологический труд «Личность и поступок» (впервые опубликовано в Кракове). Усилению авторитета Войтылы способствовали и его назначения: 15 марта 1969 года его избрали вице-президентом Епископальной конференции, тогда же он утвердил устав организации; с 28 августа по 1 сентября 1969 года состоялась официальная поездка кардинала в Канаду и Соединенные Штаты Америки.
1970-е годы явились для Кароля Войтылы важной вехой в его деятельности на благо католической церкви. 29 июня 1970 года он принимает участие в праздновании 50-летия священнической деятельности Папы Римского Павла VI, 17 октября 1971 года происходит церемония канонизации отца-чудотворца Кольбе. В это же время будущий понтифик участвует во Второй сессии Генерального Епископального Синода. По ходу заседаний он настолько умело сочетал в своих действиях либерализм (в теологических вопросах) и консерватизм (в принципиальных вопросах), что по окончании сессии был избран членом Совета Генерального Епископального Синода.
Внешнеполитическая деятельность Войтылы продолжалась. Он всячески помогал католической церкви в коммунистической Польше, его стараниями, например, была издана программная книга польского теологического общества «В основе обновления. Исследование о воплощении в жизнь решений II Вселенского собора».