Церемония похорон, которая состоялась 9 апреля 2005 года в соборе Святого Петра в Ватикане, была основана на положениях апостольской конституции и литургических текстах, которые были утверждены самим Иоанном Павлом II в 1996 году. После того как ночью 8 апреля был прекращен доступ паломников к телу папы, оно было помещено в кипарисовый гроб. По преданию, именно из кипариса был изготовлен крест, на котором распяли Иисуса Христа. Всего для тела папы предназначалось три гроба: уже упомянутый кипарисовый, сосновый и цинковый. Перед тем как крышка гроба закрылась, на лицо понтифика опустили специальное белое шелковое полотнище. В гроб вместе с телом папы был помещен мешок с монетами, выпущенными за время понтификата папы, а также свиток, содержащий подробное жизнеописание Иоанна Павла II. Гроб с телом понтифика был установлен возле собора Святого Петра, где кардиналы отслужили заупокойную мессу. Вел траурную службу кардинал Йозеф Ратцингер, который вскоре был избран очередным понтификом. На тот момент он являлся деканом коллегии кардиналов, а также префектом Конгрегации доктрины веры. Основная часть литургии была проведена на латыни, однако некоторые ее фрагменты были прочитаны на английском, французском, польском, немецком, португальском языках и суахили. В это же время восточные патриархи отпевали папу на греческом языке.
После окончания церемонии отпевания гроб с телом папы был перенесен в грот собора Святого Петра. Иоанн Павел II был похоронен в польской часовне Матери Божьей Ченстоховской, являющейся святой покровительницей Польши. Он покоится в могиле папы Иоанна XXIII, прах которого в связи с его канонизацией был перенесен в собор Святого Петра. Еще при жизни Иоанн Павел II распорядился относительно своего места похорон, а также отреставрировал польскую часовню, разместив там икону Святой Девы Марии и изображения польских святых.
Сразу после смерти папы стала широко обсуждаться возможность его скорой канонизации, т. е. причисления к лику святых. Однако намного более реальной представляется скорая беатификация Иоанна Павла II — причисление его к лику блаженных. Согласно католическим канонам, для канонизации святого необходимо документальное подтверждение как минимум четырех чудес, произошедших при его участии и благодаря его молитвам. Для беатификации необходимо наличие всего двух таких чудес. По утверждениям католической церкви, два задокументированных факта чудесного вмешательства высших сил благодаря деятельности Иоанна Павла II существуют и неоспоримы. Во время своего визита в Мексику в 1990 году папа, благословляя многочисленных верующих, коснулся рукой четырехлетнего Херона Бадильо. Этот мальчик страдал тяжелой формой лейкемии и считался неизлечимо больным. После благословения понтифика здоровье маленького мексиканца значительно улучшилось, и, по свидетельствам врачей, это произошло именно после прикосновения к ребенку папы. Вторым чудом может считаться спасение двухлетней Сары Бартоли. Иоанн Павел II держал ее на руках за несколько мгновений до выстрелов турецкого террориста Али Агджи в 1981 году. Считается, что жизни девочки также угрожала серьезная опасность и именно чудесное заступничество понтифика позволило ей уцелеть.
Главным своим предназначением как Папы Римского Иоанн Павел II считал пропаганду католической веры во всем мире. Он лично являлся автором огромного количества документов и статей, которые, по оценкам экспертов, будут еще долго оказывать влияние на развитие католичества. Серьезным достижением папы была публикация «Катехизиса католической церкви». Это произведение стало бестселлером и нашло читателей во всех странах мира. Согласно разработанной Иоанном Павлом II Апостольской конституции, назначение Катехизиса состоит в том, чтобы «утвердить роль католической церкви». Первым научно-популярным трудом папы, предназначенным для массового читателя, стала статья о триединстве Бога; первая церковная работа понтифика была посвящена Иисусу-спасителю. В своем апостольском письме, названном им «В начале третьего тысячелетия», Иоанн Павел II придавал особое значение важности «исходить от чистого Иисуса». Он писал, что к спасению может привести не следование церковным формам, но личности спасителя. В работе «Величие правды» папа подчеркивает зависимость человека от Бога и установленных Богом законов. Также папа пишет о зависимости «законов от правды».