Важной миссией Иоанна Павла II, направленной на популяризацию церкви и улучшение ее имиджа, было очищение католичества от ошибок прошлого. Ведь в мировой истории есть немало примеров крайне негативного влияния католической церкви на общественные и политические процессы: борьба с еретиками, уничтожение ученых, запрет художественных произведений. Иоанн Павел II несколько раз просил прощения перед народами мира за различные ошибки, совершенные католической церковью за долгие века. В частности, он признал вину церкви в преследовании Галилео Галилея, которого католическая инквизиция вынудила отречься от своего учения. Также он принес извинения народам африканских стран и американским темнокожим за политику рабства, несколько веков осуществлявшуюся европейскими странами с благословения католического Рима. Понтифик попросил прощения у немцев за многочисленные кровавые расправы со сторонниками Реформации. В 1999 году чешский народ услышал от Папы Римского слова извинения за расправу над их национальным героем Яном Гусом.
Тем не менее на фоне безусловно прогрессивных взглядов Иоанна Павла II на вопросы оценки мировой истории существовали также темы, по которым его точка зрения, определявшая позицию всей католической церкви, считалась крайне консервативной и реакционной. Прежде всего, такой темой был вопрос семейных и межполовых отношений. В первые годы после своей интронизации папа прочитал в Риме более 120 лекций на эту тему. Впоследствии они были обобщены и изданы в виде книги «Теология тела». Фактически это была точка зрения католической церкви на природу человеческой сексуальности и способы регулирования вопросов, связанных с половой жизнью людей. Это сочинение отличалось крайней степенью консерватизма, прежде всего потому, что категорически осуждало использование противозачаточных средств. Кроме того, папа резко осуждал получившие распространение в последние годы в разных странах однополые браки. В своей последней опубликованной работе, вышедшей за несколько месяцев до его смерти, понтифик так писал об однополых браках: «Нам необходимо спросить самих себя: не являются ли однополые браки частью новой идеологии зла, вероятно более коварной и глубокой, направленной на сталкивание лбами прав человека и интересов семьи и общества». Папа осуждал также любые проявления гомосексуализма, равно как и бисексуализма. Гомосексуалистам было запрещено занимать какие-либо посты в церковной иерархии, вместе с тем церковь склонна была считать таких людей «не вполне нормальными». Следует отметить, что на последние годы понтификата Иоанна Павла II пришлось большое количество скандалов, связанных с гомосексуализмом среди католических священнослужителей. Эти скандалы нанесли серьезный удар по репутации церкви, за которую так боролся папа. Вместе с тем сам понтифик осуждал подобные проявления и требовал строгого наказания для виновных.
Ярко выраженная гомофобная позиция католической церкви неоднократно подвергалась критике со стороны различных организаций, борющихся за соблюдение прав человека. Ведь согласно современным представлениям о демократическом обществе, все люди имеют в нем равные права, даже если они гомосексуалисты. Но особенно критиковали Иоанна Павла II за его неприятие контрацептивов. Ведь презервативы рассматриваются в современном мире как единственное эффективное средство борьбы с эпидемией СПИДа, которая буквально захлестнула слаборазвитые страны. Но в вопросе контрацептивов папа был непреклонен. В одной из своих последних работ он даже высказал соображение о том, что заразиться СПИДом будет меньшим грехом по сравнению с использованием презервативов. А в качестве единственного эффективного средства защиты от заболеваний, передающихся половым путем, католическая церковь рекомендовала воздержание.
С другой стороны, в своих многочисленных выступлениях и работах Иоанн Павел II всегда осуждал аборты, эвтаназию и применение смертной казни. Эти три понятия он ставил в один ряд под общим названием «культура смерти». Также папа осуждал войну во всех ее формах, призывал богатые страны к списанию долгов беднейших государств планеты. Таким образом, во взглядах понтифика можно было найти как ярко выраженные консервативные, так и весьма либеральные черты.
Начало понтификата папы пришлось на период, когда Советский Союз контролировал его родную Польшу, а вместе с ней и всю Восточную Европу. Иоанн Павел II последовательно выступал с критикой и осуждением коммунизма и поддерживал борьбу с этим общественным явлением. В частности, он приветствовал деятельность польской «Солидарности». Последний глава Советского Союза Михаил Горбачев как-то сказал, что крушение «железного» занавеса между Востоком и Западом было бы невозможно без активной деятельности Папы Римского. Эту точку зрения разделяют многие на пост-советском пространстве. С другой стороны, понтифик резко критиковал и негативные проявления корпоративного капитализма, проявляющиеся порой в безработице и полном обнищании беднейших государств мира.