В 1936 году Коммунистической партии и Гоминьдану удается договориться об объединении усилий в борьбе с японскими агрессорами. Объединению способствовала попытка путча в стане самих гоминьдановцев: два генерала арестовали Чан Кайши, обвинив его в измене. Ему вменяли в вину то, что он не шел на сближение с коммунистами, а, напротив, продолжал вести с ними вооруженную борьбу, бессмысленную и даже опасную в условиях японской агрессии. Инцидент завершился мирно, и в этом активное участие приняли как раз лидеры коммунистов – Мао Цзэдун и Чжоу Эньлай. Поначалу они намеревались поддержать действия заговорщиков, однако вскоре изменили свою точку зрения, решив, что появился отличный повод для заключения мира с Гоминьданом и объединения усилий в борьбе против японцев. Мирное завершение этого путча (вошедшего в историю как Сианьские события – по названию города Сиань, где и был арестован Чан Кайши) способствовало скорому прекращению гражданской войны между Гоминьданом и коммунистами.
В последующие годы совместных военных действий против японской армии отношения между партиями то теплели, то снова резко ухудшались. Временами даже возобновлялись военные стычки между войсками Гоминьдана и Красной армией Китая. За эти годы Мао, сосредоточивший основные усилия на политическом, а не на военном направлении деятельности, написал несколько серьезных работ по теории коммунизма и революции. Среди них можно назвать «К выходу первого номера журнала «Гунчаньданжэнь» (Коммунист)», «Китайская революция и Коммунистическая партия Китая», «О новой демократии». В этих работах Мао развивает теорию Маркса и Ленина о роли пролетариата в коммунистической революции, формулирует политическую, экономическую и культурную программу революции, а кроме того, называет три главных принципа китайской революции: единый фронт, вооруженная борьба и партийное строительство.
В ходе войны и коммунисты, и гоминьдановцы осуществляли борьбу с японскими войсками на подконтрольных им территориях. Часто война велась партизанскими методами. Задачи партии, которой фактически руководил Мао, состояли в мобилизации населения на борьбу, планировании и руководстве военными операциями, обеспечении населения и армии продовольствием. В марте 1943 года Мао Цзэдун избирается Председателем Политбюро ЦК КПК, что означает его окончательную победу в борьбе за внутрипартийное руководство. Спустя некоторое время пост Мао стал называться «Председатель ЦК КПК». Его он занимал до самой смерти в 1976 году.
После окончания войны и освобождения Китая от японских войск двум мощным силам – коммунистам и Гоминьдану – предстояло либо мирно разделить власть в стране, либо продолжить борьбу за нее. У обеих сторон накопилось предостаточно претензий друг к другу, в том числе и за годы совместной борьбы с японскими войсками.
В августе 1945 года Мао Цзэдун и Чжоу Эньлай проводят переговоры с Чан Кайши. 10 октября лидеры двух партий подписывают соглашение о гражданском мире. Но уже следующим летом Чан Кайши начинает новую войну против коммунистов. В ответ Мао объявляет мобилизацию своих сторонников и призывает их не допустить победы реакции в Китае. В интервью американской журналистке Мао Цзэдун произносит свою известную фразу о том, что «все реакционеры являются бумажными тиграми».
В гражданской войне, продолжавшейся более двух лет, перевес поначалу был на стороне Гоминьдана, армия которого хорошо подготовилась к началу боевых действий против коммунистов. Однако уже во второй половине 1947 года созданная Мао Народно-освободительная армия Китая (НОАК) одержала ряд важных побед и перехватила инициативу. Спустя год, осенью 1948-го, войсками Мао были одержаны три важнейшие победы в Ляоси-Шэньянской, Хуайхайской и Бэйпин-Тяньцзиньской битвах, которые предопределили конечный успех коммунистических войск и, соответственно, крушение Гоминьдана. На занятых НОАК территориях проводилась политика построения социалистического общества по китайскому образцу в соответствии с идеями Мао.
Окончательная победа над гоминьдановской армией была достигнута во второй половине 1949 года. Остатки армии Гоминьдана и лидеры партии во главе с Чан Кайши укрылись на острове Тайвань. Фактически остров стал независимым государством, и партия Гоминьдана правила на нем до 2000 года, когда в ходе всеобщих выборов власть перешла в руки демократической прогрессивной партии. Китай до сих пор отказывается признавать независимость Тайваня, считая его лишь мятежной провинцией и периодически угрожая военным вторжением.