Однако сразу после принятия этих законов существенного перелома на фронте не произошло. Сражения велись с переменным успехом, и северянам никак не удавалось достичь перевеса на Восточном фронте, вблизи Атлантического побережья. В это время Линкольн, до поздней ночи просиживая над военными книгами из библиотеки конгресса, разработал новую концепцию координации военных действий: начальник Генерального штаба (Халлек), военный министр (Стентон заменил Камерона) и главнокомандующий (Грант) получали координирующие указания от самого Линкольна. Ко всеобщему удивлению и восхищению, президент продемонстрировал недогматичный подход к военному делу. На западе армия Гранта сумела занять бассейн реки Миссисипи, и Конфедерация, таким образом, оказалась фактически рассеченной напополам. После этого в войне наступил стратегический перелом. В 1864 году начался так называемый марш к морю, в ходе которого армия северян под руководством генерала Шермана последовательно разгромила несколько армий конфедератов и взяла их столицу Ричмонд. 9 апреля 1865 года главнокомандующий южан генерал Ли подписал акт о капитуляции войск южан.
Спустя ровно четыре года после поражения форта Самтер, 14 апреля 1865 года, там был поднят тот самый звездно-полосатый американский флаг, который спустили при капитуляции форта. Фактически эта церемония означала окончание военных действий в Гражданской войне.
Однако в этот же день война напомнила о себе самым неожиданным и трагическим образом. Вечером в Вашингтоне в театре «Форд» был застрелен президент Авраам Линкольн. Убийца, актер Джон Бут, воспользовавшись нерасторопностью президентской охраны, сумел ворваться в ложу, где сидел президент, и сразу же выстрелил ему в затылок. Президент был тяжело ранен и умер на следующее утро, не приходя в сознание.
После выстрела Бута в театре началась паника, благодаря которой убийце удалось скрыться. Перед своим исчезновением он успел выскочить на сцену и прокричать: «Так погибают тираны. Юг отмщен!»
В ходе следствия был раскрыт заговор, и в конечном итоге полиция вышла на след Бута и его сообщников, обеспечивших бегство убийцы из театра. В ходе операции по аресту заговорщиков Бут был убит. Четверых непосредственных организаторов убийства Линкольна приговорили к смертной казни. Следствие и суд установили, что Бут и другие участники заговора были расистами по убеждению, ненавидели негров и выступали против их освобождения. Когда же рабов освободили, было решено отомстить главному виновнику поражения южан – президенту Линкольну.
Однако слишком большое количество нестыковок в фактах, касающихся убийства президента и особенно убийства Бута при попытке его задержания, говорит о том, что заговор против Линкольна вполне мог быть результатом крупной операции ненавистников президента, причем не только со стороны проигравшего Юга, но и при активном участии некоторых их сторонников среди северян. Так, трудно дать рациональное объяснение тому факту, что во время рокового спектакля вход в ложу, где находился президент, охранял всего один полицейский. Буту без проблем удалось пронести в театр оружие, а затем он просто следил за полицейским, дожидаясь, пока тот покинет свое место.
Когда же полиция обнаружила ферму, на которой укрывался Бут и один из его сообщников, Хэрольд, была отдана четкая команда взять убийц президента живыми. Полицейские подожгли сарай, в котором прятались преступники. Те были вынуждены покинуть укрытие. Хэрольд вышел первым и был тут же схвачен полицией. Но едва из сарая показался Бут, прозвучал выстрел одного из полицейских. Тому якобы показалось, что Бут готовится стрелять по окружившим его людям в форме. Тем не менее полицейские, участвовавшие в той операции, были впоследствии щедро награждены. Существовала также версия, согласно которой Буту удалось уйти от правосудия, а вместо него полиция застрелила другого человека. Якобы Бут спокойно дожил до глубокой старости под чужим именем и умер лишь в 1903 году. Однако верить этой гипотезе нет оснований.
После того как по Америке разлетелась весть об убийстве президента, страна, особенно ее северная часть, погрузилась в траур. Проститься с президентом в Белый дом пришли тысячи людей. Прежде всего такое право было предоставлено ветеранам Гражданской войны, сражавшимся на стороне правительства.
Во многих армейских частях, находившихся во время получения известия об убийстве президента в южных штатах, раздавались призывы отомстить, разгромив города рабовладельцев-убийц. Лишь вмешательство командиров помогло избежать погромов.
В городах Севера проходили траурные митинги, на которых было сказано немало гневных слов в адрес врагов президента – южан-рабовладельцев и их сторонников в северных штатах. Те же, кто в те дни осмеливался публично одобрить поступок Бута или негативно высказаться о Линкольне и его политике, рисковали порой своей жизнью.