С постройкой дороги Кизил-Арват стал столицей Закаспийского края. В 1883 г. сюда перешли штаб железнодорожного батальона и одна из рот, которые впервые за два года расположились в нормальных условиях. Город быстро разросся, однако еще сохраняя черты военно-походной жизни. Один из посетивших Кизил-Арват в 1885 г. путешественников писал: «Город – это военный стан, в котором временно стоят войска и железнодорожная команда… Арват представляется большим городом, в котором имеется несколько каменных построек, вокзал, клуб, казенные магазины, казармы, два-три лагеря, караван-сарай с тысячами верблюдов, тысячью транспортных лошадей, громадный двухуличный базар со всевозможными лавками, содержимыми преимущественно армянами, роскошный сад, тысяча юрт, палатки, небольшая церковь, в которой помещается до десяти человек молящихся, и горная речка в три четверти аршина ширины, которая снабжает весь стан холодной водой. Десяток улиц Арвата имеют уже названия, вроде: Глухой переулок, Ремонтный и т. п. Кроме начальствующих и других чинов военного общества, здесь есть и дамское общество, состоящее из нескольких жен офицеров и учительницы училища для детей военнослужащих. Несмотря на свое неустройство, Арват похож на один из шумных кварталов Чикаго…»
Командующий Кавказским военным округом князь Дондуков-Корсаков, в чьем подчинении находился Закаспийский край, посетив Кизил-Арват, отметил в приказе быстрый экономический рост города: «…Я осмотрел Кизил-Арват, воинские в нем помещения, лазарет, казармы… Замечателен рост Кизил-Арвата, который за короткое время принял вид значительного, весьма оживленного городка, быстро застроившегося порядочными домами, а главное, большим числом лавок…»
А тем временем Россия продолжала продвигаться на восток. В марте 1884 г. был присоединен Мерв. Спустя несколько недель под Кушкой отряд генерала А. В. Комарова разбил афганцев и 18 марта Кушка была взята. Это возбудило негодование Англии, заявившей протест и грозившей разрывом дипломатических отношений. Вот-вот могли вспыхнуть военные действия, и в России решили продлить железную дорогу до Аму-Дарьи и Самарканда. Общая протяженность магистрали должна была составить 1100 верст.
20 апреля 1885 г. высочайше было повелено продолжить строительство Закаспийской железной дороги. 23 апреля 1-й резервный железнодорожный батальон был переименован в 1-й Закаспийский железнодорожный батальон, одновременно было принято решение о формировании 2-го Закаспийского железнодорожного батальона для постройки второго участка дороги от Кизил-Арвата до Самарканда. Его командиром был назначен полковник М.С. Андреев.
Укладка шпал и рельсов от Кизил-Арвата началась 12 июля 1885 г. Основную тяжесть работ на этот раз принял на себя 2-й батальон, но и 1-му железнодорожному батальону пришлось немало поработать, так как ускоренная передача построечного материала при непрерывном товаро-пассажирском движении требовала особенной энергии служащих и четкой распорядительности начальства. Начальником строительства был назначен оправившийся от ран и вернувшийся в строй генерал М.Н. Анненков.
Наряду с военными в постройке на этот раз принимали участие и вольнонаемные рабочие – персы и осетины. Всего же численность работающих на постройке достигала 23 тысяч человек. Для строителей был сформирован укладочный поезд из 27 двухэтажных вагонов, приспособленных для жилья, с кухнями, мастерскими, приемным покоем, телеграфом и т. п. К этому поезду примыкал другой, где располагался штаб строительства во главе с генералом М.Н. Анненковым.