Особенностью строительства Закаспийской магистрали являлось то, что при постройке впервые в России был применен так называемый «быстрый американский метод» укладки с поезда, на котором подвозились материалы, при котором была возможность с 500 рабочими укладывать до 6 верст в день. Общий ход укладки был следующий: весь необходимый строительный материал подвозился к конечному пункту укладки укладочным поездом из 25–30 вагонов, разгружался на откосы, а затем материал развозился на подводах специально сформированного конно-верблюжьего транспортного отряда численностью до 200 повозок и 600 верблюдов, которым командовал штабс-капитан Лебедев. Штат транспорта предусматривал 4 переводчика и 100 «чапанов»-персов. Корреспондент «Нового времени» так описывал работу этого необыкновенного воинского подразделения: «Городская военная деятельность начинается в 4 часа утра по свистку в железнодорожном депо. Бесконечная площадь у собора наполняется верблюдами… До 10 часов идет лихорадочная деятельность по приготовлению транспортов, после же этого времени происходит перерыв работ по причине жары. В это время, от 4 до 8, все сосредоточивается на верблюжьих и конных транспортах. Телеги с лопатами, досками, шпалами, тачками приходят в движение… Транспорт выступает в поле в сопровождении казаков до места назначения в 50—100 и 200 верст. Вьючные верблюды несут на своем горбу рельсы, тюки с овсом, бочонки с водой… Надо отдать дань хвалы начальнику транспортов, штабс-капитану Лебедеву, который с трудностью, но справляется со всеми неудобствами и осложнениями в транспортном деле…»
Борьба с природой в Закаспийском крае была неимоверно тяжелой и требовала исключительной настойчивости. Море бушующего песка, огромнейшие волны его, свободно перемещающиеся в безбрежном и мертвом пространстве, лишенном растительности и жизни, подавляюще действовали на строителей. Бывало, за ночь ураганом выдувало все основание под рельсами, а в другом месте, наоборот, засыпало путь горой песка. Песчаные бури, знойный климат и пустынность страны, затруднения в водоснабжении вызывали повседневные трудности в строительстве. Настоящую катастрофу вызвал огромный разлив рек Теджен и Мургаб в апреле – мае 1886 г., размывших только что построенное полотно на протяжении 53 верст.
Но строители не унывали. Здесь сложился тесный мир людей, соединенных общим делом, где жили своей особой жизнью. В Кизил-Арвате даже был создан театральный кружок, где ставились любительские спектакли, в которых участвовали и солдаты, и офицеры и их жены. Очевидец писал: «На днях состоялся солдатский спектакль. Шли пьесы: «Мужья одолели» и «Кокетка». На спектакле присутствовали все члены арватской семьи, затем был концерт приехавшего артиста-певца. Как видите, Арват не совсем скучный походный уголок, который приютил у себя до 15 офицерских жен. Между последними выделяются две замечательные певицы, устраивающие у себя домашние концерты. Первая кончила в прошлом году консерваторию и вышла замуж за капитана Т-ского и теперь делит с ним его походную жизнь. Второй соловей Кизил-Арвата – супруга помощника генерала Анненкова, г-жа Ш-ва, которая приютила в своей уютной гостиной все военное общество вдали от родных и близких. Кизил-Арват имеет походно-семейный характер…»
29 ноября 1886 г. паровоз достиг Асхабада (295 верст от Арвата), 2 июня 1886 г. – Мерва, а затем, пройдя самый трудный участок дороги по безводным и летучим пескам пустыни Каракум, 30 ноября 1886 г. дошел до Аму-Дарьи. В этот же период начальный пункт дороги из Михайловского залива был перенесен в более удобное место – в Узун-Ада, куда пришлось проложить ветвь по пескам на протяжении 26 км.