В «Волшебной флейте» центральным образом является жрец Зарастро, который декларирует важнейшие масонские триады: сила, знание, мудрость и любовь, радость, природа. Моцарт специально приблизил эпизоды, связанные с образом Зарастро, к музыкальному стилю своих масонских песен и хоров. Основной тональностью оркестровой увертюры является тональность ми-бемоль мажор, имеющая в ключе три бемоля и характеризующая добродетель, благородство и покой. Кроме того, в увертюре настойчиво повторяются три аккорда, что снова напоминает о масонской символике. На премьере оперы, состоявшейся 30 сентября 1791 года, часть ролей исполняли сами масоны, включая Шиканедера. «Зарастро» – итальянизированная форма имени Зороастра, которого масоны почитают как древнего мудреца, философа, мага и астролога. Также, согласно поздним вавилонским легендам, дошедшим до нас в греческом изложении, Зороастр, по-видимому, был одним из первых каменщиков и строителем знаменитой Вавилонской башни – образ, особенно близкий вольным каменщикам-масонам. В Египте этого персонажа связывали с культом Исиды и её супруга Осириса. В опере действие как раз разворачивается в Древнем Египте, на берегу Нила, в окружении пальмовых рощ, пирамид и храмов, посвящённых культу Исиды и Осириса. Через всю оперу проходит весьма значимая для масонов символика числа «три» (три феи, три гения, три храма, три мальчика и т. д.), три храма с выгравированными на стенах названиями символизируют на самом деле этическую триаду зороастрийской религии: благомыслие, благословие, благодеяние – эти слова обычно писали на стенах зороастрийских храмов. В них жрецы под верховенством мага Зарастро осуществляют богослужения Исиде и Осирису. Этот символ «три» есть и в музыке – тройной аккорд в увертюре повторяется три раза. Ну и конечно, основная тема оперы – выход из духовной тьмы в свет через посвящение – является ключевой идеей вольных каменщиков. Испытания, которые проходит принц в течение оперы, напоминают зороастрийские ордалии. Которые в свою очередь весьма напоминают возникшие позже многие элементы масонских испытаний и церемоний посвящения (испытание огнём и водой, изустные удостоверения в форме вопросов и ответов, использование ордальных труб в качестве музыкальных инструментов ордалии и т. д.). Одно из испытаний проходит внутри пирамиды. На фоне этих архитектурных сооружений разворачиваются и другие действия. А пирамида – традиционный масонский символ.
Последняя болезнь Моцарта началась в Праге, куда он приехал на премьеру своей оперы «Милосердие Тита» в Пражском сословном театре 6 сентября 1791 года (опера была написана на заказ для коронации императора Леопольда II королём Богемии). По возвращении в Вену его состояние постепенно ухудшалось, однако он продолжал работать: завершил Концерт для кларнета с оркестром, писал «Реквием», дирижировал на премьере «Волшебной флейты» 30 сентября 1791 года. За два дня до того, как окончательно слечь (18 ноября), Моцарт дирижировал исполнением «Маленькой масонской кантаты». 20 ноября у Моцарта воспалились суставы, он не смог двигаться и испытывал сильные боли. Детали смерти Моцарта описаны его ранним биографом и будущим мужем Констанции Георгом Николаусом фон Ниссеном, который взял сведения из записей, предоставленных ему сестрой Констанции Софи Хайбль. По её свидетельству, «болезнь началась с опухоли в руках и ногах, которые были почти полностью парализованы, позже начались внезапные приступы рвоты… за два часа до своей смерти он остался в абсолютном сознании». Тело Моцарта опухло до такой степени, что он больше не мог сидеть в постели и двигаться без посторонней помощи. Врачи поставили ему диагноз «острая просовидная лихорадка». Как полагает Ефрем Лихтенштейн, композитор стал жертвой ревматической инфекции, поразившей сердце, мозг, почки, суставы. Моцарт с раннего детства отличался слабым здоровьем. Изучение черепа Моцарта в 1990-х годах с использованием современных методов криминалистики позволило палеонтологу Готфриду Тихи обнаружить очень тонкую трещину длиной 7,2 сантиметра, проходящую от левого виска к темени. Она была результатом прижизненной травмы и к тому времени, когда Моцарт умер, успела почти зарасти, лишь в нижней части остались следы кровотечения. Тихи высказал гипотезу, что Моцарт умер от гематомы, спровоцировавшей развитие инфекции и ставшей последствием черепно-мозговой травмы, полученной при ударе либо падении. Однако нет уверенности, что исследовавшийся череп действительно был черепом Моцарта.