Впервые предположение об отравлении возникло вскоре после смерти Моцарта. 12 декабря 1791 года корреспондент берлинской газеты «Musikalisches Wochenblatt» Георг Сиверс из Праги писал: «Моцарт мёртв. Он возвратился из Праги, чувствуя себя больным, и его состояние неуклонно ухудшалось. Полагали, что у него была водянка. Он умер в Вене в конце прошлой недели. Поскольку его тело опухло после смерти, некоторые даже полагали, что он был отравлен». В 1798 году в своей биографии Моцарта Франц Ксавер Нимечек поместил рассказ Констанции о разговоре с мужем в Пратере незадолго до смерти, когда тот сказал, что думает, будто ему дали яду. Позднее в биографии Моцарта, написанной вторым мужем Констанции Георгом Ниссеном и опубликованной в 1828 году, были помещены обширные сведения о ядах, но отрицалось, что Моцарт был отравлен.
В 1820-х годах возникли слухи, будто Моцарта отравил Антонио Сальери. В октябре1823 года ученик Сальери Игнац Мошелес посетил учителя, доживавшего век в клинике для душевнобольных. Мошелес вспоминал: «Это была печальная встреча. Он выглядел призраком и говорил незаконченными фразами о своей быстро приближающейся смерти. В конце он сказал: «Хотя я смертельно болен, я хочу заверить вас честным словом, что нет совершенно никаких оснований для этих абсурдных слухов. Вы знаете, о чём я: Моцарт, что я якобы отравил его. Но нет. Это – злобная клевета, одна только злобная клевета. Скажите миру, дорогой Мошелес, что старый Сальери на краю смерти сам вам это сказал». Также в 1824 году главный врач Вены Гульднер фон Лобес свидетельствовал о смерти Моцарта: «Он заболел ревматической и воспалительной лихорадкой поздней осенью. Эти заболевания были в то время широко распространены и поразили многих… Его смерть привлекла всеобщее внимание, но ни малейшего подозрения в отравлении никому и в голову не пришло… Болезнь приняла свой обычный оборот и имела свою обычную продолжительность… Подобное заболевание атаковало в то время большое количество жителей Вены и для многих из них имело столь же фатальный исход и при тех же симптомах, что и у Моцарта. Официальное обследование тела не выявило ровно ничего необычного». Также Сальери, последний раз видевшийся с Моцартом в конце лета 1791 года, никак не мог дать ему яд, поскольку нет таких ядов, которые проявляли бы свое действие столь отложенно, будучи применены в смертельной дозе. Да и симптомы болезни Моцарта нельзя соотнести с действием какого-то конкретного яда.
В 1997 году Миланская консерватория инициировала исторический судебный процесс, на котором было рассмотрено обвинение Сальери в отравлении Моцарта. В заседании участвовали специалисты в области криминалистики, историки, музыковеды. Свидетелем со стороны обвинения был врач Джерардо Казалья, защиты – председатель Моцартовского общества в Зальцбурге Рудольф Ангермюллер. Судья апелляционного суда Милана Виченцо Салафия вынес вердикт в отношении Сальери: «Невиновен».
Столь же несостоятельна версия об отравлении Моцарта масонами. Впервые ее высказал немецкий поэт Георг Фридрих Даумер в 1861 году. Якобы масоны увидели в опере «Волшебная флейта» карикатуру на масонство и решили убить Моцарта, также подозревая его в намерении создать собственное масонское общество «Пещера». В 1910 году эту версию развил германский политик Герман Альвардт, что за масонами, убившими Моцарта, стояли евреи. В 1926 году эту идею поддержали генерал Эрих фон Людендорф и его жена Матильда. В 1936 году Матильда Людендорф в своей работе «Mozarts Leben und Gewaltsamer Tod» («Жизнь Моцарта и его насильственная смерть») утверждала, что убийство немецкого композитора Моцарта было организовано «иудео-христианами» (или «иудео-римлянами»), а также «жидомасонами», иезуитами и якобинцами. Моцарт будто бы стал масоном под нажимом отца (в действительности – наоборот) и подвергался преследованиям со стороны князя-архиепископа Зальцбурга Иеронима фон Коллоредо (тоже масона), потому что отказывался сочинять «итальянскую космополитическую музыку». Позднее, уже в конце XX века, доктора медицины Йоханнес Дальхов, Гюнтер Дуда и Дитер Кернер предположили, что масоны убили Моцарта за то, что в «Волшебной флейте» он будто бы выдал некие масонские секреты. Никаких реальных оснований масонская версия смерти Моцарта не имеет. «Волшебная флейта» вполне апологетична по отношению к масонству, но никаких секретов не выдает, поскольку эти секреты в ней до сих пор никто так и не раскрыл. Но даже если бы какие-то масонские секреты в опере были, карать за это надо было бы не Моцарта, а автора либретто Эммануэля Шиканедера, который благополучно пережил Моцарта на 21 год. При этом никто и никогда не сомневался, что Шиканедер умер естественной смертью.