В начале 1920-х годов «Боруссию», однако, пришлось воссоздавать практически заново: многие футболисты погибли на фронтах Первой мировой войны. В это время клуб играл в низших лигах, причем у «Боруссии» очень быстро появился злейший соперник, которого не удавалось обыграть многие годы, даже десятилетия — «Шальке-04» из соседнего города Гельзенкирхена.
Первая встреча между клубами состоялась в мае 1925 года, победу со счетом 4:2 одержал «Шальке-04». В 30-е — начале 40-х годов клуб из Гильзенкирхена был одним из сильнейших в Германии и обыгрывал дортмундцев раз за разом. 20 октября 1940 года, например, «Боруссия» потерпела самое сокрушительное поражение в этом дерби — 0:10. И только 14 октября 1943 года «Боруссия» впервые наконец обыграла «Шальке-04» с очень скромным счетом 1:0.
Уже после Второй мировой войны, в 1947 году, дортмундский клуб впервые победил в лиге земли Северный Рейн — Вестфалия. А чемпионом Германии впервые стал в 1956 году, победив в финальном матче за этот титул «Карлсруэ» со счетом 4:2. Год спустя клуб из Дортмунда защитил свой чемпионский титул, на этот раз обыграв в финале «Гамбург» — 4:1.
Любопытно, что именно «Боруссия» стала последним чемпионом Германии эпохи любительского футбола, завоевав это звание в 1963 году. Сезон 1963–1964 годов клуб начал уже в профессиональной Бундеслиге и занял тогда третье место. А нападающий «Боруссии» Тимо Конетцки отличился тем, что забил первый гол в истории Бундеслиги.
Середина 1960-х годов оказалась для дортмундской «Боруссии» удачным временем. 22 мая 1965 года она впервые завоевала Кубок Германии, победив в финальном матче клуб «Алемания» из Аахена со счетом 2:0. Эта победа позволила клубу вступить в борьбу за Кубок обладателей кубков, и он выиграл этот европейский турнир с первой же попытки. Финальный матч, где соперником футболистов из Дортмунда был «Ливерпуль», состоялся 5 мая 1966 года в Глазго. В середине второго тайма нападающий «Боруссии» и сборной Германии Зигфрид Хельд открыл счет, однако уже через 8 минут Роджер Хант, будущий чемпион мира 1966 года в составе сборной Англии, забил ответный мяч. Уже в дополнительное время Райнхард Либуда, пришедший в «Боруссию» из стана злейшего врага — «Шальке-04» и вскоре вернувшийся в Гельзенкирхен, принес победу «Боруссии». В том же сезоне 1965–1966 годов дортмундцы заняли и высокое второе место в Бундеслиге.
Но самые яркие страницы в истории клуба пришлись на 1990-е годы, когда «Боруссию» возглавил выдающийся тренер Оттмар Хитцфельд. Тогда его тренерская карьера, по сути, только начиналась, и до «Боруссии» Хитцфельд работал в Швейцарии. В 1988 году с клубом «Аарау» он выиграл Кубок Швейцарии. После этого его пригласили в более известный «Гроссхопперс». Немецкий тренер дважды приводил клуб к титулу чемпиона и дважды выигрывал Кубок Швейцарии, причем в сезоне 1889–1990 годов сделал «дубль».
Наконец, в 1991 году он принял приглашение дортмундской «Боруссии». Дела у клуба тогда шли неважно: после победы в Кубке обладателей кубков сменились два с лишним десятка тренеров, но единственным трофеем стал второй Кубок Германии, завоеванный в 1989 году. Немногие верили, что тренеру, приехавшему из Швейцарии, удастся что-либо сделать.
Но Хитцфельд в первый же свой сезон 1990–1991 годов вывел «Боруссию» на второе место, завоевав путевку в Кубок УЕФА, а следующей весной дошел до финала этого европейского турнира. Тут, правда, последовало поражение от «Ювентуса» — в двух матчах «Боруссия» проиграла с общим счетом 1:6. Однако Хитцфельд упорно готовил команду к победам. В сезонах 1994–1995 и 1995–1996 годов «Боруссия» дважды подряд становилась чемпионом Германии. А весной 1997 года дошла до финала Лиги чемпионов, где снова встретилась с «Ювентусом». Год назад именно «Ювентус» стал победителем Лиги, победив по пенальти амстердамский «Аякс», но теперь победу праздновал немецкий клуб, выигравший со счетом 3:1.
Финальный матч прошел 28 мая 1997 года в Мюнхене. Два гола из трех забил Карл-Хайнц Ридле, чемпион мира 1990 года в составе сборной Германии, а третий — Ларс Риккен, сумевший это сделать через 16 секунд после своего выхода на замену. В «Боруссии» прошла вся игровая карьера этого футболиста, начавшаяся в 1993-м и завершившаяся в 2008 году. Еще одной ярчайшей звездой «Боруссии» того времени был полузащитник Маттеас Заммер, ставший вместе со сборной Германии чемпионом Европы 1996 года и тогда же получивший «Золотой мяч» как лучший футболист континента.