Уже через год занятий Михаил впервые вышел на сцену Мариинского театра, станцевав в балете «Спящая красавица». Два года спустя участвовал в «Щелкунчике», и после выпуска его приняли в труппу Мариинки. Дебют в спектакле «Пахита» в 1898-м позволил молодому танцору, минуя кордебалет, сразу стать солистом. А шесть лет спустя он получил место преподавателя в родном училище.
Неудовлетворенный закостенелостью и формализмом классического балета, Фокин написал письмо в Дирекцию Императорских театров: «Вместо традиционного дуализма балет должен гармонично объединить три важнейших элемента: музыку, декорации и пластическое искусство… Танец должен поддаваться осмыслению. Движения тела не должны опускаться до банальной пластики… Танец обязан отражать душу». Он мечтал создавать постановки, далекие от традиционной на то время монументальной дворцовой эстетики балетов-симфоний — с четкой структурой и тягой к виртуозности. И руководство дало ему зеленый свет.
В 1905 г. Фокин представил свой первый балет — «Ацис и Галатея», в котором все же преобладали классические элементы. Но через год появился смелый и новаторский «Сон в летнюю ночь» по пьесе У. Шекспира, принятый публикой на бис.
А затем балерина Анна Павлова, одноклассница и партнерша Фокина, попросила его поставить для нее номер на композицию «Лебедь» К. Сен-Санса из сюиты «Карнавал животных». Молодой хореограф сочинил танец буквально за две минуты: он импровизировал перед балериной, а она повторяла движения. Миниатюра впервые была представлена 22 декабря 1907 г. на благотворительном концерте Мариинского театра и удивила зрителей отсутствием сценографии. Фокин обошелся без декораций, кордебалета, оркестра и привычного вступления. Павлова просто стояла в дальнем углу сцены под резким освещением, опустив голову и уронив руки, а с первыми звуками арфы поднималась на пальцы и начинала медленно «плыть». «Если можно балерине на сцене подражать движением благороднейшей из птиц, то это достигнуто: перед вами лебедь», — писали в рецензиях.
«Я глубоко ценю Фокина и уверена, что из всех реформаторов танца он самый талантливый», — говорила о друге Павлова. С каждым выходом на сцену она танцевала миниатюру по-новому, меняя не саму хореографию, а характер повествования и все глубже погружаясь в музыку. Изначально ее лебедь не умирал — просто нес в себе печаль и покой; ведь в самой мелодии Сен-Санса нет трагических нот. Но постепенно образ становился все драматичнее — Павлова танцевала не птицу, а человеческую душу. И в итоге к ее Лебедю приклеился эпитет «умирающий». «Боюсь, мне уже не сочинить ничего, достойного стать наравне с вашим “Лебедем”», — сказал балерине потрясенный Сен-Санс.
Даже когда Павлова покинула Мариинский театр, Фокин продолжал сотрудничать с ней и поставил для ее труппы несколько балетов, где впервые соединил танец с пантомимой.
В 1910 г. Михаил стал единственным хореографом Русских сезонов С. Дягилева. Триумфальное шествие его балетов по Европе началось с «Павильона Армиды», поставленного вместе с художником А. Бенуа. Затем последовали «Половецкие пляски», «Шехеразада» и «Петрушка». Русский балет восхитил всю Европу, заставил публику по-новому взглянуть на искусство, давно считавшееся умирающим. Страсть, экспрессия, виртуозность — все это делало постановки Фокина незабываемыми. Его «Жар-птица», основанная на русском фольклоре, запомнилась фантастической хореографией, легкостью и разнообразием движений, напоминающих полет волшебной птицы. Не менее яркими оказались «Синий бог», «Дафнис и Хлоя» и др.
Реформа — именно этим словом принято называть то, что сделал для балета Фокин. Однажды, пытаясь оживить балет, он принес живого удава и предложил Павловой танцевать с ним «Ночь в Египте». Анна согласилась, хотя другие артисты умоляли Фокина убрать «змея» со сцены, заменив его игрушкой. Однако в процессе оказалось, что удав двигается вовсе не так, как прописано в мизансценах, и от него отказались.
Осознавая важность музыки, пытаясь уйти от традиционного балетного костюма, стереотипной жестикуляции и рутинного построения номеров, Фокин очень тщательно подбирал художников и композиторов. С ним работали Н. Рерих, А. Бенуа, С. Рахманинов, И. Стравинский и многие другие. Он первым решил использовать для балета симфоническую музыку. Первым предоставил мужчинам ведущие (а не второстепенные) партии. Первым начал ставить бессюжетные балеты, основанные лишь на чувствах и страстях. По словам хореографа С. Вихарева, «для … танца он дал очень большую свободу, раскрепостил его. Если до этого … были важны чистые, академической старофранцузской школы позиции ног, рук, то здесь он раскрепостил артистов, раскрепостил пластику и дал новое направление в развитии балетного искусства».