В 1730 году Миних был назначен вместо умершего князя Трубецкого президентом Военной коллегии, то есть военным министром. Он получил высший воинский чин генерал-фельдмаршала, не имея к тому времени еще никаких полководческих заслуг. Анна Иоанновна вручила ему военные дела как «человеку, соединившему в себе с редкими достоинствами примерную ревность к службе».
Теперь должности просто «сыплются» на уже бывшего каналостроителя. Он получил чины генерал-фельдцейхмейстера и генерал-полицмейстера, был награжден высшим российским орденом Святого апостола Андрея Первозванного.
Новоиспеченный генерал-фельдмаршал с присущим ему рвением приступил к военным преобразованиям. При Минихе к двум полкам петровской гвардии – Преображенскому и Семеновскому прибавились еще два – Измайловский и Конный. Гвардия продолжала составлять основу столичного гарнизона. Но теперь в ней появилось большое число офицеров-иностранцев: Бирон и Остерман не питали доверия к «природно русским».
Президент Военной коллегии предпринял шаг, который дал ему большую личную популярность среди офицерства армии и флота России. Он уравнял жалованье русских офицеров и офицеров-иностранцев. Последние с времен Петра I получали двойное жалованье, что являлось огромной несправедливостью и в мирное время, и особенно в военное.
Более того, Миних принял строгие меры против проникновения в русскую армию чужеземных авантюристов. Президент Военной коллегии велел принимать в армию лишь тех иностранных офицеров, «кои в знатных европейских служили» и имели надлежащие тому документы.
В 1731 году в Санкт-Петербурге учредили привилегированное военно-учебное заведение – Шляхетский кадетский корпус для подготовки дворянских детей к офицерской службе. Под него был отдан дворец опального светлейшего князя А.Д. Меншикова на Васильевском острове. В первых наборах четверть юных дворян были родом из Эстляндии и Лифляндии.
При Минихе инженерные войска стали самостоятельным видом в армии. В армейской кавалерии появились первые три кирасирских полка, в которые были преобразованы три драгунских.
При императрице Анне Иоанновне Россия много воевала. В 1733 году она вместе с Австрией поддержала права на польский королевский престол Августа III, сына умершего Августа II, против сторонников Станислава Лещинского и Франции. В 1734 году русские войска осадили крепость Данциг и заставили французский десант, высадившийся в устье реки Вислы, сложить оружие.
Затем состоялась Русско-турецкая война 1735–1739 годов. Президент Военной коллегии встал во главе русской армии. Боевые действия начала полевая армия генерала Леонтьева силой в 42 тысячи человек при 46 орудиях, которая разгромила у Конских Вод конницу крымского хана и открыла путь к Перекопу.
Генерал-фельдмаршал граф Миних во главе 85-тысячной Днепровской армии двинулся в поход на Крым. Вторая 45-тысячная армия генерал-фельдмаршала Ласси двинулась на Азовскую крепость. Одновременно открылись действия против крепости Очаков и Ногайской орды на Кубани.
Русская армия взяла Перекоп и вошла в Крым, захватив ханскую столицу Бахчисарай. Но реки на полуострове пересохли, начался массовый падеж лошадей, и русской армии, потерявшей из-за болезней почти половину своего состава, пришлось уйти с полуострова. В 1737 году кровавым штурмом берется крепость Очаков.
Весной 1738 года Миних совершает поход на крепость Хотин, имея почти 100-тысячную армию. У селения Ставучаны близ переправ через Днестр состоялось большое полевое сражение с султанской армией и крымской конницей. Оно закончилось победой русского оружия и взятием Хотинской крепости. По итогам Белградского мира Россия получила Азов и право строить крепости на берегах Днепра и Дона.
После смерти Анны Иоанновны в 1740 году наследником престола стал ее внучатый племянник Иоанн IV Антонович. Регентом при нем стал временщик Бирон, который стал жестоко обращаться с матерью младенца-императора Анной Леопольдовной.
Тогда генерал-фельдмаршал Б.Х. фон Миних, имея под командованием только одного своего старшего адъютанта полковника Манштейна, совершил дворцовый переворот и покончил с бироновщиной.
Затем последовал новый дворцовый переворот в пользу дочери Петра I Елизаветы Петровны. В итоге Брауншвейгское семейство оказалось под стражей в Холмогорах, а Миних долгих 20 лет провел в сибирской ссылке в Пелыме. Из ссылки его вернул император Петр III, который вернул полководцу все чины, ордена и графский титул, приблизив к себе генерал-фельдмаршала.
Император Петр III был свергнут в ходе нового дворцового переворота, в пользу Екатерины II. Миних оказался в тех событиях одним из немногих ее противников. Она великодушно простила его, назначив верного сторонника своего убитого мужа директором Ревельской и Нарвской морских гаваней, Кронштадтского и Ладожского каналов. Ему поручалось строительство Балтийского порта – военной гавани в Рогервике.
Граф Бурхард Христоф фон Миних умер в 1767 году, окруженный внешним почетом и различными почестями. Но при дворе он никакого влияния уже не имел.