Новая государыня отличала Степана Федоровича среди прочих военных деятелей. Она благоволила к нему, пожаловав в 1746 году чин генерал-аншефа. В 1751 году вице-президент Военной коллегии получил орден Святого апостола Андрея Первозванного.
Исследователи считают, что в сложное время правления императриц Анны Иоанновны и Елизаветы Петровны родовитый российский дворянин являл собой образец успешной военной карьеры. Однако блистать ему довелось до того дня, когда пришлось столкнуться с хитросплетениями внешней и дворцовой политики России и испытать самый суровый поворот судьбы.
Апраксину откровенно везло на влиятельные дружественные связи. Он был дружен с такими сановниками, как канцлер А.П. Бестужев-Рюмин, фаворит граф А.Г. Разумовский, братья Шуваловы. Он мог опереться на их поддержку, получить через них благоволение государыни Елизаветы Петровны.
Перед самым началом Семилетней войны 1756–1763 годов его произвели в генерал-фельдмаршалы, хотя полководческих заслуг за Апраксиным еще не числилось. Фельдмаршальский жезл был получен им 5 сентября, а уже 26 октября он стал главнокомандующим русской действующей армией, назначенной для похода против Прусского королевства Фридриха II Великого.
Можно утверждать, что у России не было какой-то веской заинтересованности для участия в этой большой европейской войне. Однако при дворе преобладала так называемая австро-французская партия: благодаря ей участие русской армии в войне против Пруссии оказалось предрешено.
Став во главе полевой армии, Апраксин сразу же столкнулся со многими проблемами, которые должны были быть разрешены еще до него. Армия была не укомплектована полностью личным составом (около 20 процентов) и лошадьми, серьезные недостатки были в обеспечении ее провиантом и фуражом. Предстояло сформировать новые полки. Административная и хозяйственная части расстроены, а отпущенных на содержание войск денег не хватало.
В довершение всех бед С.Ф. Апраксин был лишен реальной власти главнокомандующего. По предложению канцлера императрица «дозволила» руководить русской армией на театре военных действий Высшей военной конференции в составе Бестужева-Рюмина, братьев Шуваловых, генерал-фельдмаршала Бутурлина, придворных вельмож Трубецкого и Воронцова. Конференция бралась за руководство действующей армией на полях в Европе, далекой от Санкт-Петербурга. Естественно, что курьеры туда и сюда постоянно опаздывали с запросами и приказами об изменениях на войне. Что-то серьезное главнокомандующий мог принять только с разрешения Конференции при высочайшем дворе.
…Русская армия выдвинулась к Восточной Пруссии летом 1757 года. В ее рядах насчитывалось 55 тысяч человек при 79 орудиях. Занимаются при не самом упорном сопротивлении неприятеля города: важный портовый Мемель (ныне Клайпеда, Литва), Тильзит, Гумбинен, Инстербург.
Уже с самого начала военных действий Конференция стала демонстрировать «свое несоответствие» в вопросах главного командования. Апраксину слали самые противоречивые приказы, из которых следовало в одно и то же время и наступать, и отступать, и стоять на месте, и идти вперед, и не удаляться от линии государственной границы. От главнокомандующего, ко всему прочему, требовалось своевременно обо всем рапортовать Конференции и терпеливо ожидать от нее новых инструкций, не принимая самостоятельных решений.
Король Фридрих II главные свои силы сосредоточил против Франции. Оборонять Восточную Пруссию поручалось опытному фельдмаршалу Гансу фон Левальду, имевшему 30 тысяч войск. Русские войска перешли границу 10 июля и двинулись на Алленбург, далеко обходя неприятеля и открывая себе прямой путь на Кенигсберг, главный город Восточной Пруссии. Левальд действовал решительно, поспешив навстречу русской армии.
Апраксин решил обойти пруссаков стороной. Он перевел свои войска на левый берег реки Прегель и встал на отдых у деревни Грос-Егерсдорф. Утром следующего дня, 19 августа, он отдал приказ о продолжении походного движения. Войска, оставляя позицию, не успели полностью выстроиться в походную колонну и начать марш, как были внезапно атакованы противником.
Удар пришелся на центр походного строя русской армии: находившиеся здесь Нарвский пехотный и 2-й Гренадерский полки в самом начале сражения потеряли до половины своего состава. Однако Левальду, который атаковал, не считаясь с потерями, не удалось разорвать походный строй русской армии. Сражение приняло самый ожесточенный характер.
Исход сражения у Грос-Егерсдорфа решила пехотная бригада генерал-майора П.А. Румянцева: он со своими полками прорвался через сбившийся на дороге армейский обоз и заболоченный лес и нанес внезапный сильный удар во фланг королевской пехоте. Успех атакующего натиска здесь оказался полным. Вскоре отступление пруссаков обратилось в бегство.